动物的某些疾病是遗传的。在明知宠物患有遗传性疾病的情况下饲养宠物，不仅不符合优生优育的原则，也是不道德的。因为这样会产生更多生病的宠物，甚至会让饲养出来的动物一生饱受疾病的折磨。
犬的常见遗传病
髋关节发育不良
髋关节发育不良是中大型犬常见的髋关节疾病。当发现宠物不爱运动、走路扭扭捏捏、兔子跳或者疼痛反应时，可以通过x光阴影判断髋关节发育不良的可能性。猫也有可能发生，但由于猫的体重有限，髋关节发育不良的症状并不是特别明显，大部分在年老后会出现严重的跛行症状。
膝关节脱位(髌骨脱位)
这种病是小型犬中常见的遗传缺陷，如马尔他犬、博美犬、吉娃娃犬和迷你贵宾犬，在猫中并不常见。如果犬猫出现后肢跛行、三脚架的症状，会随着年龄的增长逐渐恶化。医生可以通过膝关节触诊来诊断。一旦确诊严重病例，必须考虑手术，此类犬猫不宜用于配种。
囊虫病(蠕形螨)
这是一种常见的犬类遗传性皮肤病，但在猫中并不常见。虽然囊虫病是犬猫常见的寄生虫，但由于抵抗力下降或长期使用类固醇，可能会引起囊虫病的大量增加。目前业内仍认为囊虫病是一种遗传病，不宜用于配种。
患隐睾病的人
6个月以上的公犬、公猫，如果睾丸还没有进入阴囊，也就是说，装睾丸的袋子里什么也没有，就叫隐睾。这种缺陷也是家族性的，睾丸停留在皮下或腹腔内可能会因长期高温而诱发癌变，所以最好趁年轻做手术切除睾丸。
猫的常见疾病
肥厚型心肌病
很多小动物心脏病专家认为肥厚型心肌病具有家族遗传性。肥厚型心肌病的猫会出现突然的后肢瘫痪、喘息、黏膜苍白、发绀或猝死，是一种死亡率高、费用高的疾病。
多囊肾
大部分慢性肾衰竭的猫在4岁之前都会出现与慢性肾衰竭相关的症状，肾脏会出现持续增大的水囊肿，压迫肾脏实质，造成机械性损伤或缺血性坏死，且多发生在双肾。目前还没有消除或抑制水囊的治疗方法，这是一种治疗无望的疾病，猫最终会死于尿毒症。兽医可以通过超声波扫描早期发现多囊肾，或者在水囊导致肾脏变形时通过触诊发现多囊肾。患有此病的猫不能用于配种，可以减少悲剧的发生。
苏格兰折耳猫内源性软骨瘤病
苏格兰折耳猫本身就是一个突变品种，它的基因存在很多不稳定性。有些国家明文规定折耳猫不能与折耳猫配种，因为会有太多可怕的先天缺陷和畸形，最常见的是内源性软骨瘤病，表现为短尾、短掌骨、跖骨和趾骨、骨融合、外生骨疣，一岁时可能出现严重的跛行。
要根治遗传性疾病，就要从基因层面或染色体层面纠正已经出现的缺陷。但是，基因治疗在理论和技术上还存在很大困难，目前还不能用于临床。目前对宠物遗传病的治疗只是在早期诊断的前提下，通过各种途径减轻或消除某些遗传病的症状。在自然状态下，这些不好的基因早就应该被大自然淘汰了，一味的让宠物交配繁殖，只会增加不幸动物的数量，而不能保证它们至少能有健康有质量的生活。