目前小儿止咳祛痰糖浆种类很多，应用也很普遍，如果使用不当同样会给孩子带来不良反应或中毒。因为糖浆中除了含糖外，里面还含有一定成份的药物，所以在使用时应注意做到：
对症选择不滥用，因为引起咳嗽吐痰的原因很多，对此在使用止咳祛痰糖浆时应先请大夫查清咳嗽咳痰的原因，区别咳嗽的性质，然后再有针对性的选服止咳祛痰糖浆。一般对频繁的干咳，或痰液不多的刺激性咳嗽，可选用以止咳为主的糖浆。对于痰多的咳嗽不能单用止咳糖浆，以免止住了咳，而痰排不出来滞留在呼吸道内，引起或加重感染，对这类咳嗽应选用以祛痰为主的止咳祛痰糖浆。
合理应用不超量，过量给孩子吃糖浆同样会出现毒副反应。如过量给孩子服用含非那根类糖浆，常可引起口、鼻、喉发干、腹痛腹泻、呕吐、嗜睡、眩晕，严重者可发生惊阙；过量服用含咳平或咳必清等药物的糖浆，可引起头晕、口干、恶心、腹泻等；过量服用含必嗽来类糖浆，可出现胃部不适、恶心、血清转氨酶升高；含氯化胺类糖浆过量应用后，可出现恶心、呕吐、口渴、胃疼及高氯性酸中毒等不良反应。
不服过期变质的糖浆，在应用糖浆前尤其是过去用过的糖浆，应仔细检查是否有变色，或出现絮状和沉淀物，如果出现以上现象说明糖浆已变质，对此就不能再给孩子服用。