《中国腹泻病诊断治疗方案》是于 1993 年制定的（以下简称方案），其中规定了腹泻病的治疗原则：“预防脱水、纠正脱水、继续饮食、合理用药。”具体实施应分三个方面：一、预防脱水、纠正脱水，腹泻病人绝大多数轻、中度脱水，可以通过口服补液加以纠正，具体方法是：服用口服补液盐适用于治疗脱水，如果预防脱水就将药品说明中的“每代加水 500 毫升频服”改为“每半代加水 500 毫升频服”便可防止患儿因大便次数过多造成的脱水。
某些家长认为，静脉输液效果好，事实并非如此。 2004 年在中国腹泻病峰会暨儿童腹泻国际研讨会上，专家们认为，腹泻病人有脱水的 90% 属轻、中度，采用口服补液经济方便，完全可以治好，只有重度脱水（约占 10% 左右）才需要静脉补液。二、粥饮食。《方案》制定以前，治疗腹泻病基本采用禁 12~24 小时的饥饿疗法，《方案》纠正了这种做法，认为治疗腹泻吃比不吃好，原则上是吃过的食物可以继续吃。对于慢性迁延性腹泻，时间久了会产生鼠糖酶块少，对此类患儿应该提供低乳糖饮食，如低乳糖奶粉或豆奶粉。条件差的地方可采用豆浆（ 100 毫升豆浆 +5 —— 10 克 葡萄糖）替代牛乳或人乳喂养。三、合理用药。我国腹泻的三种粪便包括稀便、水样便和粘液脓血便，其中水样便占 70% ，属病毒或产毒细菌引起，可以不用抗生素。另外 30% 的粘液脓血便是由痢疾杆菌、沙门氏菌、空肠弯曲菌引起的，可以使用抗生素。
中药治疗小儿腹泻有悠久的历史，系统的理论方法与显著的疗效，实验证明中药具有抗病毒、退热、止泻的效果好，推荐继续使用。微生物制剂（如金双歧、培菲康）针对的是腹泻病造成的菌群紊乱，研究证明，小儿腹泻时，肠道微生态环境会发生严重紊乱，厌氧菌（主要是双歧杆菌）比正常儿童下降 1000 倍。作为补充的是微生态需要肠道菌群的调整，疗效慢，所以急性腹泻时微生态制剂可以不做常规用药。轮状病毒腹泻时，思密达 + 口服补液盐就可以很快将腹泻治好，而且便宜。有些慢性迁延性腹泻患者，造成菌群紊乱，是非常需要使用微生态活菌制剂的。