小儿脱肛有自愈的倾向，所以在治疗方面应以保守治疗为主，大多以纠正造成脱肛原发因素和局部处理结合处理。局部处理包括纠正便秘，建立定时排便的良好习惯，避免蹲位姿势排便。如便后直肠脱出后不能回缩，可用手指将脱出肠管的中骨部分先轻轻推入肛门内，其余部分也能随同回纳复位。如复位困难，可先用温盐水外敷脱出部分，再予以回复。对脱肛小儿也可用吊带将纱布垫固定在肛门两侧，以阻止肛门下移。随着年龄的增长，骶骨弯曲度发育成形，轻度粘膜脱垂的部分患者可获得治愈。
直肠脱出后应尽快及时复位，以避免脱垂部充血、水肿等症状给复位带来困难。当小儿发生脱肛时，应让患儿趴在家长的膝上，家长的手指涂上石蜡油或食用香油，然后缓慢地将脱出的直肠纳入肛门，使脱垂的直肠复位，然后清洁肛周皮肤，然后用吊带将纱布垫固定肛门两侧。若脱出时间较长，脱出部位充血水肿，用一般方法不能复位，应马上带孩子去诊所就诊。脱肛一般经以上治疗均能奏效，屡发者可采用硬化剂流向法，对顽固性脱肛还可采用肛周箍绕术。
小儿脱肛一定要在专科大夫指导下进行治疗，不要盲目求治。平时多食新鲜蔬果，保持大便通畅，定时排便，对小儿脱肛的防治都能起到一定作用。