但是，咳嗽和发热一样，是人体的一种防御反射。人的呼吸道内膜表面有许多肉眼看不见的纤毛，它们不断地向口咽部摆动，清扫混入呼吸道的灰尘、微生物及异物。在呼吸道发生炎症（如上呼吸道感染、气管炎、肺炎等）时，渗出物、细菌、病毒及被破坏的白细胞混合在一起，像垃圾一样，被纤毛送到气管。堆积多了，可刺激神经冲动，传入中枢，引起咳嗽。其步骤为：肺吸满气体，然后喉头声门紧闭，胸腹同时用力，使肺内气流突然进发冲出，将那些呼吸道的“垃圾”排出来。因此，只要炎症没有完全消退，排除“垃圾”的咳嗽动作就会一直存在。若硬是用药阻止咳嗽，这些"垃圾"会越积越多，从而加重感染，甚至阻塞气道。所以体质弱、老年人、胸腹部手术的病人，大夫还特别鼓励他们咳嗽，把气管内的"垃圾"排出去，免得在肺部惹是生非。可见，咳嗽既有弊，又有利。
当感冒时，上呼吸道黏膜充血水肿，产生刺激性咳嗽，而下呼吸道（气管和肺泡）并无“垃圾”堆积，这时的咳嗽对机体并无任何保护性作用，弊多利少。可单独使用小儿止咳糖浆、非那根止咳糖浆、急支糖浆等止咳药。这种情况下细菌感染可能性不大，一般不必使用抗生素。
当患支气管炎、肺炎时，气管及肺内有较多的“垃圾”，宜选用止咳祛痰药，如吐根糖浆、棕色合剂、远志糖浆等；如痰稠可用10％氯化铵合剂等。这些药可增加呼吸道黏膜分泌，使痰液变稀，易于咳出，减少对气道的刺激。也可选用中成药蛇胆川贝液、蛇胆陈皮末等。抗生素虽对病毒感染无效，但此期大都合并细菌感染，故应选用广谱抗生素，一般可用青霉素类、红霉素类及氨基糖苷类或头孢菌素类联合应用。有条件可直接用喉镜从气管内吸出分泌物送细菌培养，再选用敏感抗生素。
哮喘的原因多为过敏反应或炎症刺激，支气管粘膜下水肿，导致支气管痉挛，口径变小，呼吸道阻力增加。这种情况在小儿多为哮喘性支气管炎，既喘又伴有炎症，必须采用抗生素、平喘药、镇静药联合应用方可取得较好效果。平喘药的作用原理就是解除支气管平滑肌痉挛。常用的平喘药有博列康尼、舒喘灵、氨茶碱等。在采用平喘药的同时可选适量的抗过敏药物，如非那根、扑尔敏等。咳嗽迁延时久，达2-3周以上，可加用超短波等物理治疗。
当然，要真正、彻底治愈咳嗽，只有治疗原发病。另外，饮食要注重清淡、味道爽口。新鲜蔬菜如青菜、大白菜、萝卜、胡萝卜、西红柿等，可以供给多种维生素和无机盐，有利于机体代谢功能的修复。黄豆制品含优质蛋白，能补充由于炎症时机体损耗的组织蛋白，且无增痰助湿之弊。还可适当增添少量瘦肉等富含蛋白质的食物。菜肴要避免过咸，尽量以蒸煮为主，不要油炸煎烩。俗话说“鱼生火，肉生痰，青菜萝卜保平安。”在小儿咳嗽时，注意一下是有道理的。