患儿必须隔离，食具的消毒可在开水中煮沸１５分钟，玩具可给予易于消毒的木制或塑料制品。大便的处理，可以大便１份，漂白粉１／４份，放在痰盂里搅匀后加盖２小时再倒掉，床单被褥可在日光下曝晒６小时。
患儿应卧床休息。腹痛时腹部可放热水袋。婴幼儿大便有里急后重时，可让大便解在尿布上，不要求坐起在痰盂里解便，这样可防止肛门直肠脱垂。每次大便后用温水洗净臀部，并用５％鞣酸软膏涂于肛门周围的皮肤上。如有脱肛时，可用纱布或软的手纸涂上凡士林，托住脱垂的肛门，一面轻轻按摩，一面往上推，即可复位。
呕吐频繁时，可短期禁食，或给予静脉补液。然后给予糖盐水、少油腻的流质，如藕粉、豆浆等。待病情好转，即应及早进食。这时可以给予少渣、易消化的半流质，如麦片粥、蒸蛋、煮面条等，牛奶易引起腹泻胀气，应予限制，待大便成形后可适当增加。应多补充水分。在恢复后期，应设法引起患儿的食欲，也可以食前半小时先服消化酶类药物如胃蛋白酶等，并在饮食中增加营养和蛋白质，开始可少食多餐，逐渐增加，防消化不良。
慢性菌痢患儿需要灌肠时，应对患儿做好解释工作，争取患儿配合，不致使药液流出肛门，同时在灌肠前先将大小便排空。
大便作细菌培养采取标本时，应选脓血及粘液较多的地方，留好标本后应立即送验，以提高准确性。若连续３次送验均为阴性，可解除隔离。密切注意患儿病情变化及大便性质、次数，如患儿出现高热、面色苍白、四肢发冷或有嗜睡、谵语、烦躁不安时，应立即到诊所就医。