鸡鸭鹅等家禽往往带有沙门氏菌，其中以卵巢最为严重。因此，蛋壳表面和蛋黄及蛋白均有可能受到沙门氏菌的感染。其他细菌、霉菌等也可通过蛋壳的细孔进入蛋内，特别是当外界温度骤变时更易发生。此外，蛋壳受到破损，可使蛋腐败变质，食用后人体也将受到细菌感染而得病，引起食物中毒，而且生鸡蛋也不易消化。
鸡蛋的吃法有多种，如煮、炒、蒸、水泡、煎炸等。在婴幼儿膳食中，水蒸蛋最易消化吸收。无论用那种烹调方法，均须烧熟煮透，才能避免受细菌感染的危险。有人认为吃生鸡蛋最好，其中所含营养素不会受到破坏。其实用不着担心，鸡蛋内主要的营养素如蛋白质和铁，不会因高热而受到破坏。