一、海豚亚科
海豚亚科是海豚科下属的一个亚科，别称真海豚亚科，该亚科是海豚科的主要演化支，现行分类暂划有5属，分别是弗氏海豚属、驼海豚属、原海豚属、瓶鼻海豚属和真海豚属，代表物种有瓶鼻海豚、中华白海豚、条纹原海豚等。
二、糙齿海豚亚科
糙齿海豚亚科是海豚科下属的一个亚科，该亚科的特征是牙齿表面有垂直细皱摺或脊，事实上这也是“糙齿”的由来，现行分类暂划有2属，分别是糙齿海豚属和侏白海豚属，代表物种有糙齿海豚、土库海豚等。
三、露脊海豚亚科
露脊海豚亚科是海豚科下属的一个亚科，该亚科现行分类暂划有5属，分别是露脊海豚属、矮海豚属、坛喙海豚属、皮氏海豚属和斑纹海豚属，代表物种有北露脊海豚、南露脊海豚、智利矮海豚、太平洋短吻海豚等。
四、虎鲸亚科
虎鲸亚科是海豚科下属的一个亚科，该亚科现行分类暂划有2属，分别是虎鲸属和短吻海豚属，代表物种有虎鲸、伊河海豚等。
五、领航鲸亚科
领航鲸亚科是海豚科下属的一个亚科，该亚科现行分类暂划有5属，分别是领航鲸属、瓜头鲸属、侏虎鲸属、伪虎鲸属和灰海豚属，代表物种有灰海豚、长肢领航鲸、短肢领航鲸、瓜头鲸、小虎鲸、伪虎鲸等。