哈尼族主要信仰万物有灵和祖先崇拜。所信神灵有天神、地神、山神、树神、水神及鬼怪、魂灵等。宗教活动主要体现在节日、禁忌、念经驱鬼方面。每寨都设有一个“追玛”(寨主)，负责主持和管理宗教祭祀活动。还设有负责念经驱鬼、开路送魂的“贝玛”以及负责占卦，用巫术或草药给人治病的“尼帕”。他们在组织宗教活动中可获得实物或货币的报酬。
从前，哈尼族忌生双胞胎、六趾(指)、缺嘴婴儿，认为这类婴儿是鬼胎，会给村寨和家庭带来灾难。因此，生育这类婴儿的人或家族史上有生育过这类婴儿的男子，不得参加追玛选举，这类婴儿出生后也立即被处死，其父母也被视为是“不洁净”的人被赶出寨门，烧毁房子、分掉粮食、现金。有钱人家出钱请“贝玛”做9天大礼后，可留在寨内，但从此不得参与宗教活动，一年内无人与其交往。
中华人民共和国成立后，通过宣传科学、医学知识，加上1965年西双版纳傣族自治州第二届人大第二次会议通过了《关于维护人民生命财产，保护婴儿，禁止杀害双胞胎和生理缺陷婴儿的决定》，上述习俗逐渐被破除。