裕固族信仰喇嘛教，是属于喇嘛教格鲁派（黄教）。但是，裕固族的祖先在历史上曾信过别的宗教。在公元8世纪中以前，回纥人就曾信仰萨满教。他们崇拜精灵，崇拜祖先，害怕雷霆。还应时而产生了能预卜吉凶、呼风唤雨的男女巫师。后来，裕固族的祖先又先后信仰过摩尼教和佛教。
裕固人最初信仰原始宗教—萨满教，到了8世纪中叶，回纥政权建立后，随着封建制度的日益发展，本来崇拜精灵的原始萨满教已经不能满足新兴封建主阶级的需要了，为了维护各部落的统一，加强君主的威望，这就需要产生一个能够庇护唯我独尊的君主地位的神，于是在公元762年，回纥第三代可汗牟羽可汗出兵助唐平定“安史之乱”后，带回四个摩尼僧，牟羽可汗宣布摩尼教为国教。从这时起，回纥人信仰了摩尼教。
11世纪初的甘州回鹘在裕固族历史上处于重要阶段。在这个时期里，信仰摩尼教的回鹘人从漠北来到佛教兴盛的河西地区，由于受当地文化和宗教的影响，裕固族的祖先抛弃了摩尼教，改信佛教。并为佛教的传播作出了贡献，对河西地区乃至周围其他民族，都有过一定的影响。
唐代以后裕固族先民在进入河西后接受了汉传佛教，后来受到藏族的影响，开始信仰藏传佛教。但由于语言文字方面的障碍以及在中华人民共和国成立以前裕固族人口的稀少等原因，使得藏传佛教传入到裕固族地区以后，发生了一些变化。再者，由于各种原因，宗教信仰在裕固人的信仰世界中，并没有留下根深蒂固的影响。
到了元代，元朝统治者崇尚喇嘛教萨迦派，这样，裕固族的祖先又改信了喇嘛教。
喇嘛教的组织非常严密，设有喇嘛（有的寺院称堪布或活佛）、法台、僧官、提经、僧人和班弟。喇嘛是寺院的最高统治者，以转世来继承。喇嘛、法台、僧官有打罚僧人和班弟的权力，一般僧人很难升为法台和僧官，即使有个别的，也要付出大量的钱财。班弟大多数是贫苦牧民的子弟，他们为喇嘛或传经的师傅长期服无偿劳动。
喇嘛教对裕固族人民的经济生活有着很严重的渗入和影响。各个寺院每年通过部落或直接由寺院借放会、念经的名义，向牧民强派布施。如每年每个寺院都有定期的正月大会、四月大会、六月大会、十月（或九月） 大会，每月十五还有一次小会。这样，寺院上层不仅占有大量牲畜和草场，还通过这些名目繁多的放会、念经、算卦向牧民收取布施。
从20世纪80年代初开始，中国许多地区出现了宗教信仰上的“反弹”现象，但在裕固族地区却没有出现类似现象。到目前为止，原来被毁的寺院中，也仅有长沟寺、明海寺和康隆寺得到了有限的恢复，总共也只有四五个僧人。因此，在总体上，当代裕固人，特别是年轻人的宗教信仰意识趋向淡薄。
如今，裕固人的宗教信仰中仍然包含有很大比例的原始萨满教信仰的成分。裕固族萨满教的巫师称“也赫哲”或“喀目”。在从前，由也赫哲所主持的仪式活动主要有每年农历正月举行的祭“汗腾格尔”（祭天神）仪式、农历六月举行祭鄂博（敖包）仪式以及各种治病求福的巫术活动。另外，现代裕固人对火的崇拜现象、火葬习俗、许多驱邪禳灾活动等，都与古老的萨满教信仰有关。
现在裕固族地区的祭鄂博仪式多以行政村为单位举办或轮流举办。有的地方已经开始将这类活动与当地的旅游接待活动相结合，使原来的祭鄂博活动在内容和形式上越来越具有现代民族文化传播意义。