日本目前仍然现存很多孔庙，孔子在邻国日本拥有特殊的地位，被视为与释迦牟尼和耶稣齐名的“世界三圣”。日本不仅是世界上除中国外唯一将汉字作为法定国家文字的国家，而且也是唯一将孔庙作为国家文化财产来保护的国家。孔庙对于日本来说有着非凡的意义。
汤岛圣堂：现存最大
“汤岛圣堂”坐落于东京文京区御茶水站附近，由德川幕府第五代将军于1690年创建，占地近1.4万平方米，是日本现存最大的孔庙。日本明治维新以后，先后有文部省、博物馆和师范学校等设立于此，汤岛圣堂也因此成为日本近代教育的发祥地。
进入圣堂后，自“仰高”门而入，只见古木葱郁，迎面是一棵高大的楷树，据称是1915年林学博士白泽保美从山东曲阜孔子墓旁的楷树上采来种子培育长大的。楷树右侧不远处耸立着一尊高大的孔子铜像，立于1975年，高约5米，重约1.5吨。
从楷树左侧拾级而上，眼前出现以中轴线贯穿但地势依次增高的三座殿门，分别是“入德门”、“杏坛门”和“大成殿”。其中在杏坛门前的一个大木架上，挂满了密密麻麻的祈愿牌，上面都是各级考生为了考上理想的学校向孔子求助许愿而写的祈祷文字。
大成殿内正中共有3座漆龛，正中漆龛中供奉孔子像，左右两侧小漆龛中供奉曾子、孟子、颜子和子思的牌位。漆龛平时都是关闭的，只有祭祀等重要节日才会打开。再往两侧则分别有子路、子贡等“孔门十哲”的牌位。
汤岛圣堂每年4月第4个星期日举行“释奠”(以酒食祭祀先圣先师)仪式。“释奠”仪式在大成殿内举行，祭官、伶人、祭主均身着日本神道式的白色礼服。释奠流程从参会者就座至参会者退场，共22个步骤。伶人用笙、笛等演奏雅乐，祭官向先师供奉酒、鲤鱼、蔬菜和水果等。
汤岛圣堂1922年被指定为日本国家史迹，受到特殊保护，目前由财团法人“斯文会”委托管理。斯文会设立于1920年，是日本专门研究和宣传孔子思想的组织，是日本宣传孔子与儒学思想的重要阵地。
长崎孔庙：中国人建造
长崎孔庙坐落于长崎市大浦町32番地，占地面积3300平方米，在清王朝驻长崎领事馆建议下，于1893年由各大乡帮组织平均分担出资建造，是海外唯一由中国人建造的孔子庙，至今仍为中国国有资产。
长崎孔庙主要由“仪门”和“大成殿”构成。建造初期，在大成殿后面还有“崇圣殿”，但在此后的大修中先后改建为“唐人馆”、“中国历代博物馆”，展示故宫博物院和中国历史博物馆所藏文物和国宝。
长崎孔庙格局与中国曲阜孔庙出于一式，主殿均是黄琉璃瓦和汉白玉栏杆，所不同的是，屋脊采用华南文庙的上翘式飞檐，上面雕刻有龙、麒麟等装饰。仪门顶端门楣上写有“孔子庙”三个大字，这扇门除了每年秋季祭孔大典外，平时一直都是关着的——大门中央只有神和皇帝可以通行。
大成殿内供奉有孔子塑像和四圣牌位，大成殿的两侧行道上安放有孔子弟子72贤人的大型石雕像，每座高1.8米左右，重2吨，完全按照北宋画家李公麟的72贤画像塑造而成。此外，长崎孔庙左右回廊的两侧殿堂大理石后壁上雕刻的论语全文，也使之与众不同。
长崎孔子庙事务局长潘秀贵告诉记者，长崎孔庙每年9月最后一个星期六举办祭孔大典，祭祀仪式遵循古礼，并由5名身穿古代传统冠服的“献官”主祭，以祭祀先圣的“释奠礼”规格进行，从“鼓三严”启幕到阖扉礼毕为止共分24个步骤。
长崎孔庙设立初期也是庙学一体设计。1905年，长崎华侨在长崎孔子庙内兴建了全九州地区唯一培养华侨子弟的学校，但终因资金问题于1989年关停。如今，长崎孔庙在庙内开设了汉语教室，面向成人和儿童教授汉语。
多久圣庙：融入日本特色
多久圣庙位于佐贺县多久市多久町，建于1708年，它是日本现存孔庙中年代最古老的孔庙之一，且是最为华丽的一座。
从建筑看，多久圣庙颇具日本特色。圣庙南门叫“仰高”门，进门后也看到了日本其他孔庙必有的被视为学问象征的楷树，但圣庙内仅有的殿堂名为“恭安殿”，而非“大成殿”，且建筑样式为日本代表性的禅宗样佛堂，三间四面，重檐歇山顶，正面采用唐破风结构，建筑内处处可见龙、象、凤凰、狮子等与孔子有关的圣兽或动物的雕刻及图案。圣庙分内外两殿，中央设长方坛。
殿内孔子像由青铜打造，为文宣王造型，长相穿着等与常见的孔子像有所不同。如今，多久圣庙和孔子圣龛被分别收录为日本国家重要文化财产而受到保护。
多久市对孔子和儒学的虔诚程度无与伦比。该市每年4月18日和10月第4个星期日都要举行“释菜”(以蔬果菜羹等祭祀先圣先师)典礼，这项典礼已经持续300多年。此外，据多久市市长横尾俊彦介绍，多久市所有学校走廊上、墙上全都写满论语；这里的孩子还被要求掌握相当数量的论语名句；每年举行“翻纸牌”大赛，纸牌上也是论语。当地人对圣庙也非常虔诚，每到产子、考试前夕都会前来拜庙；每年元旦，会有几万人争相前来祈福新年。
多久圣庙内旁的东原庠舍的历史比圣庙还早，曾经是面向武士及百姓子弟提供教育治学的地方。如今，这里仍然接待来自日本全国的休学旅行学生，教授论语和四书五经等内容。
久米至圣庙：日本最南端
坐落于冲绳县久米村的久米至圣庙是一座历史悠久的孔庙，也是日本最南端的孔庙。
久米至圣庙规模不大，主要由本殿大成殿和明伦堂组成。大成殿建筑为红瓦红墙，殿前阶梯部分的龙形设计与曲阜孔庙完全相同，这里的龙有五爪，象征孔子的至高无上地位。殿内供奉着孔子的圣龛圣像，像前牌位上用金字写有“大成至圣先师孔子”，圣龛上方写着“万世师表”几个大字。大殿两侧为四配牌位，上方分别写有“圣协时中”和“有教无类”。
大成殿左侧的双层建筑为明伦堂，这曾经是琉球第一座公立学校，是教导久米村子弟学习儒学以及外交文书写法的地方。如今这里的二楼开设了“久米孔子塾”，邀请县内外专家，向冲绳县民讲解久米村与琉球的历史和论语知识。
据负责至圣庙管理维护的久米崇圣会理事长神村光二介绍，约600多年前，从中国渡海来到琉球的人被称为“久米36姓”，他们就聚集在久米村，并成为日后琉球王国兴盛繁荣的中流砥柱。1914年，36姓后裔创立久米崇圣会，并从政府手中获得了至圣庙建筑等的所有权。