金鱼有很多种颜色，不同品种的颜色各异。
在金鱼的众多颜色中，常见的有黑色、红色、蓝色、黄色、紫色、杂斑、五花、透明色等，金鱼分为文种、草种、龙种、蛋种四大品系。
某些品种的金鱼的颜色并不是一成不变的，在金鱼个体发育过程中，会出现褪色的现象。黑色金鱼如墨龙睛、墨水泡等品种，在不同的年龄阶段，其颜色是有所不同的。
金鱼的颜色成分只有三种：一是黑色色素细胞，二是橙黄色色素细胞，三是淡蓝色的反光组织，所有这些成分均存在于野生鲫鱼中。
在家中养的金鱼有着鲜艳多变的体色，也只是这三种成分的重新分布与组合，在强度与密度上有所变化，或鱼体上消失了某一种或多种成分而形成的各异的颜色。