在种植龙胆草时，可以从五个方面来防治病害，即做到合理密植，做好土壤消毒、幼苗消毒，加强化学防治，以及及时处理掉被破坏的残留物。
1、合理密植：为减少地表暴露，减少植物与土壤的接触面积，一般每亩移栽10万至10万株幼苗，在距离两侧40厘米处种植玉米苗床。对于高秆作物，遮荫可以减少阳光直射，使龙胆叶片变黄，降低植物的抗病性。
2、土壤消毒：土壤肥力高，有利于幼苗生长，不仅长势良好，还能提高抗病能力。一般在移栽前施用有机肥3000千克、磷酸二铵10千克，同时使用400倍多菌灵或800倍迪克森浇水苗床的时间，可以实现控制疾病指数低于20%。
3、幼苗消毒：对龙胆草种子和幼苗进行消毒，播种和移栽前用苏打锰锌600倍液浸泡种子和幼苗3~4小时，选择无病毒株。
4、化学防治：春季龙胆草在低温时易得病毒病，叶片皱纹和褪绿的表现，病毒感染时先被斑点感染，一旦发现病毒病，应立即800倍植物病害精神每5至7天喷一次，甚至喷洒3次，以提高抗病性。
5、残留物：大量的病原体是龙胆病叶的主要感染源，在秋季彻底清理田园，做好园艺工作，将一些残留物及时清理干净，防止病菌的滋生。