当辣椒发瘟时，一般要在定植时或缓苗后，用64%杀毒矾可湿性粉剂500倍液或72.2%普力克浇定植穴，每株浇250毫升，发病前期喷施58%甲霜灵锰锌可湿性粉剂400-500倍液进行防治。
采用药剂防治办法，在定植时或缓苗后，用72.2%普力克或64%杀毒矾可湿性粉剂500倍液浇定植穴，每株浇250毫升。
在高温时期，应在早、晚灌井水，雨后要及时排水，封垄后适度控水。当发现中心病株时，及时清除病株、病叶与病果，防止其它植株发生感染。
在种植辣椒时，要选择抗病品种，比如亚华205、亚华105等。在播种前用温汤浸种，使用1%硫酸铜浸种消毒，或72.2%普力克水剂600倍液，或20%甲基立枯磷乳油1000倍液浸种12小时，待洗净后再播种或催芽。
为减少发瘟现象的出现，在种植辣椒时要实行轮作，一般实行2至3年轮作。
保护地栽培辣椒，不仅要加强通风换气，还可以用45%百菌清烟雾剂，每亩用250克，或者使用5%百菌清粉剂，每亩1公斤，每7至10天1次，连续2至3次。