根治刺儿菜的除草剂主要是草甘膦，每亩用10%水剂1200-2000克可防治刺儿菜。
草甘膦属内吸传导型慢性广谱灭生性除草剂，可以防除单、双子叶，一年生，多年生，草本和灌木等40多科的植物。
刺儿菜的防治办法生长在荒地上的刺儿菜，与长在庄稼田里的刺儿菜，在除草剂的选择和具体防治方法上是不同的。
1、荒地刺儿菜
针对荒地上的刺儿菜，可以采用草甘膦+二甲四氯组合，杀草除根，经济实惠。
2、庄稼田刺儿菜
长在庄稼田里的刺儿菜，生命力顽强，根系较发达，用草甘膦防治，可以致其死根，但一般死不彻底，过一段时间会复发。
在用草甘膦防治刺儿菜时，可以加一包复硝酚钠或芸苔素内酯，以促进杂草细胞活性，使药效更强。
还有一种叫二氯吡啶酸的除草剂，对刺儿菜防治有特效，对菊科植物和豆科植物杀灭性很强。但该除草剂除草谱窄，土壤残留时间长，在使用时必须注意。