2011年12月，日本政府在系统总结和评估东日本大地震的经验和教训的基础上，重新修订了应急预案，以进一步增强其科学性、针对性和实用性。
注重应急预案的制度性设计
日本政府注重强化应急预案的制度性设计，构建了系统连贯、规范明晰、相互衔接的预案体系。日本政府把防灾计划（应急预案）分为三类：一是防灾基本计划，作为政府应急管理工作的重要基础，防灾基本计划是全国应急管理领域的最高层计划，依据《灾害对策基本法》，由政府应急管理的最高机构中央防灾会议制定；二是防灾业务计划，防灾业务计划是根据防灾基本计划，由指定的行政机构及指定的公共机构制定的计划；三是地区防灾计划，地区防灾计划是根据防灾基本计划，由都道府县及市町村的防灾会议结合本地区的实际情况制定的防灾计划。
防灾基本计划是结合现有的应急管理体制、推进应急管理事业、实现妥善和迅速的灾害恢复等方面工作而制定的计划。1995年神户大地震后，日本政府总结其教训，在防灾基本计划中明确规定了中央政府、地方政府等组织的责任和义务，并针对不同种类的灾害，在预防、响应、恢复和复兴的各个阶段，阐明了规范清晰、易于落实的灾害对策。新修订完成的防灾基本计划的框架主要包括：总则、震灾对策篇、海啸灾害对策篇、风灾和水灾对策篇、火山灾害对策篇、雪灾对策篇、海上灾害对策篇、航空事故对策篇、铁路事故对策篇、道路事故对策篇、核事故对策篇、危险物等灾害对策篇、大规模火灾对策篇、森林火灾对策篇、其他灾害对策篇、防灾业务计划与地区防灾计划中的重要事项等部分。
中央防灾会议在制定防灾基本计划的同时，每年要结合应急管理领域的相关科研成果、已发生的灾害及改进应对效果的对策等情况，对防灾基本计划进行研讨，并对其进行必要修改。中央防灾会议根据相关规定，制定基本计划或对其进行修改时，要迅速将该情况向首相报告，并且要在通知指定行政机关的负责人、都道府县知事及指定公共机构的同时，必须将有关事项进行公布。此外，日本政府注意各预案间、预案和规划之间的相互衔接。《灾害对策基本法》规定，制定行政机关的首长在制定防灾业务计划并实施时，要考虑与其他指定行政机关的首长制定的防灾业务计划进行相互调整，同心协力地、有机地制定防灾业务计划，并努力实施。同时，《灾害对策基本法》还规定，都道府县地区防灾计划不得与地区防灾业务规划（类似应急规划）有所抵触，并促进两者在实际工作中能够有效衔接。
以风险分析和评估为前提
日本政府把风险分析与评估作为增强应急预案针对性和实用性的基本方法。1995年神户大地震后，日本政府把风险分析与评估作为整个应急准备工作的前提。在刚刚修订完成的防灾基本计划中，日本中央政府经过重新评估，将海啸灾害列为第二位的灾害风险（仅次于地震灾害）。实际上，早在东日本大地震发生之前，日本中央政府经过系统性评估认为，最可能发生的大地震包括东海地震、东南海地震、南海地震、日本海沟千岛海沟周边海沟型地震、首都直下型地震以及中部地区、近畿地区直下型地震。为此，2003年以来每年在首相官邸举行所有内阁大臣参加的巨灾应急预案测试演练，假定的场景是东海、东南海、南海三场地震同时发生，造成25000人死亡（其中海啸死亡9100人），毁坏建筑55万栋场景，从而为东日本大地震的应对工作打下了坚实基础。当前，日本政府仍在加强对东日本大地震后南海、东南海地震的风险分析与评估，以加强应急准备。
由于经过科学缜密的风险分析与评估，日本中央和地方政府的防灾业务计划中对某一特定时段，区域内可能发生的自然灾害都有非常具体的推算，如人员被害情况、死亡、重伤、轻伤、建筑物损坏情况、全毁、半毁、火灾情况、需要避难人数等内容，其统计数据甚至精确到个位，因此，就可以极具针对性地制定对策措施。举例来说，中央防灾会议对东京都地区可能发生的18种地震造成的损害分析和评估后认为，在发生8级地震之前将发生数次7级“首都直下型地震”。基于此，在包括内阁官房、消防厅等所有的中央政府机构的本部门的防灾业务计划中，统一设定的场景是晚 6时，东京都发生的直下型M7.3级地震，其中死亡人数约为11000人，全部倒塌的建筑物约为85万栋，经济损失约为112兆日元。然后，根据该情况拟定本部门的应对措施。
融入“业务持续性管理”理念
日本政府把“业务持续性管理”（BusinessContinuityManagement，简称BCM）理念引入防灾业务计划制定中，是近年来政府应急管理工作的重要创新。“业务持续性管理”作为一种重要理念，最早来自于欧美国家企业经营管理的实践，主要关注在信息技术条件下，如何使现代企业在灾害发生时能够保障业务的持续运行。业务持续计划（BCP）是通过事先分析组织潜在的各类威胁，进而制定和实施一系列备灾措施，确保组织在巨灾应对中能够迅速恢复关键业务，从而保障组织整体业务的持续性运作。简单来说，业务持续计划是在传统防灾对策的基础上，分析和研究灾害发生时“应该优先恢复哪些关键业务”的措施，系统评估这些关键业务“在多长时间内可以恢复到什么程度”，并以此来制定对策的具体内容（如灾害对象的特别认定、影响度的评价、重要业务受灾的估测、具体措施等）。
日本政府认为，发生地震等巨灾时，如果政府的关键活动停滞，不仅对各政府自身造成影响，而且会影响到经济发展和社会生活，甚至可能产生其他外溢效应。为此，将“业务持续性管理”理念应用于政府防灾业务计划中，力争在发生灾害时使政府的关键业务活动持续进行，以确保日本的政府本身、全社会的稳定，并使政府工作在最短时间内恢复。截至2010年6月，日本政府的各省厅和都道府县所有的防灾业务计划中，都吸纳了业务持续性管理的理念，加强了指挥、交通、通信等关键部门和重要基础设施的抗灾抗毁能力，以促进地震、海啸等重特大突发事件情况下，本部门的关键业务能够持续、有序开展。另外，日本政府还积极向全社会传播该理念。2005年8月1日，日本中央防灾会议下属的“运用民间和市场的力量提高防灾能力专门调查组”以及“企业评价与业务持续工作组”针对灾害（特别是地震）对企业的影响，制定了《事业继续指导方针第一版》。2009年2月，日本政府又进行了修订，进一步规范了确保业务持续性的标准工作程序和方法。