事故救援的过程是各个部门协同作战，统一调度，将事故损失降低到最低程度的过程。指挥在事故应急救援中起着至关重要的作用，试想在救援过程中，如果指挥很快能够发现问题，阻止事故进一步恶化，便能有效减少人员伤亡和财产损失。但是如果指挥专业知识、实战经验等存在缺陷，很有可能造成更大的人员伤亡财产损失。
指挥系统的原则
扁平化原则
应急救援的指挥系统不宜过大，层次不宜过多。系统过大往往导致命令出现偏差、发布命令时间过长等情况，延误最佳作战时机，影响事故救援效果。一般指挥系统的层次不宜超过3级，以2至3级为宜。一般为总指挥、各救援队伍指挥、救援队伍参战人员三个层次。即使是国家级事故应急救援，指挥系统也应该以简单有效为宜。
权威性与灵活性结合原则
权威性是指事故应急救援现场指挥发出的命令具有权威性，救援人员应服从并执行；灵活性是指在事故现场出现突发事件的情况下，救援人员临时改变救援措施的变通形式。事故现场瞬息万变，一般的小事故随时可能转化成爆炸、着火、大面积坍塌等重大恶性事故，危及现场救援人员，因此救援人员在进入事故现场后，应该适时根据现场变化情况，调整救援战术。如与总指挥发出的命令有偏差，调整后应及时向总指挥汇报现场情况以及调整结果，以便进一步采取救援措施。
事故现场，原则上应坚持命令的权威性，遇紧急情况可适当采取灵活措施。
准确性原则
现场指挥发出的命令应该准确、明了、简短，不宜发出可能产生偏差、误解的命令，以免影响事故应急救援。
分级指挥原则
事故救援现场一般都比较混乱，因此，各救援队伍应坚持分级指挥的原则。各专业救援队伍指挥无权指挥其他救援队伍，也无权越级指挥，各专业救援队伍参战人员只对本队伍指挥负责，各救援队伍指挥对总指挥负责。
以人为本的原则
救援指挥的各种命令都应该建立在以人为本的原则上。以人为本，体现在两个方面，第一就是应该以抢救现场伤亡人员为基本原则，另一个方面体现在应充分保护救援人员的生命，不能盲目救援。
指挥中应注意的几个问题
切忌盲目冒进
救援现场时间就是生命，指挥者往往会在没有充分准备的条件下下达救援命令，这种情况可能会造成更大的人身伤亡，影响救援效果，甚至使救援行动陷于瘫痪。因此，指挥命令应建立在科学分析的基础上，切忌盲目冒进。
撤退命令一定要及时下达
如预测现场情况将发生重大变化或事故将进一步扩大时，总指挥应果断下达撤退命令，给救援人员足够的撤退时间，减少无谓的人员伤亡。
及时准确上报事故救援进展状态，以便总指挥部指挥
现场救援指挥，应及时将现场情况向总指挥汇报，总指挥应根据汇报情况，会同相关专家，认真研究现场情况，预测事故发展趋势，及时作出战术安排。
专业救援队伍指挥应稳定作战人员心态，消除其紧张情绪，阻止队员因紧张情绪而产生的盲目蛮干。
指挥人员应积极参加演习，提高指挥能力
在日常的事故救援演练中，应专门有针对指挥人员的演练，以提高指挥人员的指挥能力，提高事故救援效果。
现场指挥的基本程序
事故救援现场复杂多变，但一般指挥应按照下列程序展开工作。
1．现场分析灾情（包括征求专家意见）。
总指挥组织相关专业人员、专家，根据现场灾害情况，综合考虑人员分布、周边环境、设备状况、物料状况等因素，分析现场事故危害程度。
2．预测事故发展趋势，确定初步事故救援方案，制定各阶段的应急对策。
总指挥组织相关人员研究预测事故可能的发展趋势、危害范围、危害程度，结合现场救援力量，确定初步事故救援方案，并预测可能出现的意外情况，制定意外状况的应急对策。
3．确定各救援队伍任务、目标，并下达至各专业救援队伍指挥。
根据初步事故救援方案，分配各专业救援队伍任务，下达命令，展开事故救援。
4．协调各救援队伍，合理分配救援力量。
总指挥根据现场突发事件，及时合理分配救援力量，确保救援行动顺利开展。
5．宣布救援结束。
6．事故救援行动圆满结束后，由总指挥宣布救援行动结束，并向有关媒体介绍应急救援行动情况。