没有一种抗生素对所有的细菌都有效。一种抗生素往往对某些细菌有效果，这就是抗生素的抗生谱。而抗生素类药物如青霉素、卡那霉素、庆大霉素、氯霉素、四环素、土霉素、红霉素等，对病毒感染无效。因此，由病毒引起的疾病就不需要使用抗生素。
临床实践证明，抗生素可对人体产生很多不良后果。长期使用卡那霉素或庆大霉素可损害听神经，引起听力减退，甚至耳聋。长期应用四环素，内所含的成分会沉积于骨骼及牙釉质中，并与该组织中钙相结合，使儿童牙齿变黄。如属疾病必须，则可选用其他类抗生素，如头孢拉丁糖浆等。有些抗生素长期使用后会损伤肝脏，滥用抗生素也会使细菌产生耐药性，甚至造成菌群紊乱而产生两重感染。因此对原因不明的疾病或发热，家长不宜任意给孩子服用抗生素，以免延误临床诊断和正确处理。
孩子服用抗生素比大人复杂得多。一般来说，抗生素治疗的疗程因疾病种类、病情的严重程度以及对现有的治疗反应等不同而有所差异，所以药物剂量必须由大夫来决定。许多人简单地以为：儿童用药的剂量就是成人剂量减半，这种观点是错误的。大夫在考虑患儿病情、药物在体内的代谢特点等之外，还要考虑药物对患有肝、肾病儿童的影响，以及药物可能带来的毒副作用。
孩子服用抗生素，尤其要警惕不良反应。抗生素引发的不良反应主要包括过敏反应、毒性反应以及二重感染。过敏反应的形式多种多样，轻者可出现皮疹、药物热、血管神经性水肿，严重的还会出现哮喘，甚至过敏性休克。毒性反应一般可见由氯霉素引起的再生障碍性贫血，庆大霉素等引起的耳聋等。由于抗生素应用后会杀灭或抑制敏感细菌，未被抑制的菌种会大量繁殖，发生菌群紊乱，因而在用药过程中还可能出现霉菌、耐药菌等引起的二重感染。这种感染轻的会出现口腔、胃肠道感染，重者会发展成为败血症，甚至危及生命。