急性期：
1.普通型：
突然发热，腹痛腹泻。大便先为稀便，很快转为典型的脓血样，每日10次以上，伴里急后重，全腹压痛，以下腹显著。乙状结肠可触及，有压痛。本期持续1~2周后缓解或自愈，或逐渐转为慢性。严重者大便失禁，有酸中毒，电解质紊乱，神志模糊，有呃逆，腹部气胀或凹陷，体温可以很高或在常温以下，可因酸中毒或周围循环衰竭而死亡。
个别急性期及恢复期病人，可在大关节出现渗出性关节炎，伴全身发热及局部红肿，关节腔穿刺液为无菌性，是痢疾的变态反应，用强的松治疗后不留遗迹。
2.轻型：
大都表现为肠炎，可有微热。排稀便，一日数次，偶有粘液，但无脓血。
3.中毒型：
多见于体质较好的儿童，突然发病。或以普通型开始，于1~2天内突变，患者高热达40℃以上，精神萎顿，频发惊厥，迅速出现休克和/或呼吸衰竭，可有咖啡色吐物。而痢疾症状多缺如，因而易被误诊。
休克型(周围循环衰竭型)：早期是微循环痉挛引起，面色苍白，四肢厥冷，脉细速，血压正常或稍高，眼底小动脉可见痉挛。稍晚则嘴唇指甲发绀，皮肤花纹明显。当病理生理发展至瘀血阶断，血压下降显著出现少尿或无尿，肺循环瘀血，呼吸困难和咯血；心脏缺血缺氧易于发生急性心力衰竭。
脑型(呼吸衰竭型)：因脑血管痉挛引起脑缺氧、脑水肿、颅内压增高，早期即有面色苍白，嗜睡惊厥，血压正常或稍高，很快进入昏迷，瞳孔大小不等，忽大忽小，对光反射迟钝，出现呼吸节律不齐，深浅不匀，下颌呼吸等，很快以呼吸衰竭死亡。
混合型：以上两型同时出现，是最凶险的一型。
慢性期：
病程在2个月以上者为慢性，多由于轻型病例未能诊治，一般病例治疗不及时或不合理造成，也有因菌耐药，虽经正规治疗仍转为慢性者。凡有营养不良，胃酸低，慢性胆囊炎，肠道寄生虫病者易形成慢性；神经稳定性失常，饮食失常，受凉或过度劳累则是导致慢性或缓解期转为急性发作的诱因。
1.慢性迁延型：患者有轻重不等的痢疾症状，或便秘与腹泻交替出现，多有屡次不愈史，大便成形或较稀次数较多，带粘液和少量脓血。腹部有压痛，乙状结肠粗厚可触及。患者有不同程度的贫血，维生素缺乏症，植物神经功能不稳定，劳动力减退。
2.急性发作型：因某种原因，原来是静止的病人有急性发作，或迁延型病人的症状加剧发作。有腹痛，微热，大便次数增多，作痢疾样，但程度不如急性期严重，疗效也不如急性期满意。
3.慢性隐匿型：1年内有痢疾史，临床上无症状，但乙状结肠镜检查有异常发现，或大便培养阳性，在流行病学上有重要意义。有慢性结肠溃疡性病变者，多并发营养不良，贫血，维生素缺乏症及神经官能症。长期用多种抗生素可合并真菌感染等，引起肠道症状加重。
诊断：
1.流行病学：有同菌痢患者接触与饮食不洁史(2/3病人有)，地区、季节、年龄有参考意义。
2.临床表现
3.实验室检查：
血象：急性期白细胞总数多增高，常在10-20×109/L之间，中性粒细胞百分比也显著增高。慢性病人红细胞及血色素常有减少。
粪便检查：急性期典型患者的粪便量少，有脓血，粘液，无粪质。显微镜下有大量脓细胞、红细胞与巨噬细胞有诊断价值。粪便培养阳性是确立诊断的依据。为取得阳性结果，应在用抗菌素之前选取大便的脓血或粘液部分作培养。标本必须新鲜，如搁置3~4小时或与尿混合，将影响结果。取肛拭作床边培养效果较好。
X线钡剂检查：慢性期可见肠道痉挛，动力改变，袋形消失，肠腔狭窄，肠粘膜增厚，肠段收短，或呈节段状病变如香肠样。
鉴别诊断：
急性菌痢须与下列疾病相鉴别：
1.阿米巴痢疾(虫痢)：起病较缓，不发热，腹痛，里急后重轻，大便次数少，粪量多呈暗红(果子酱)色，奇臭，粪便镜检红细胞成堆，有夏-雷氏结晶，可找到阿米巴滋养体，肠粘膜溃疡面出血轻。
2.空肠螺杆菌肠炎：可有同家禽家畜接触史，多呈低中度发热，粪便常呈黄水样，腹痛轻微，部分病人腹痛于腹泻停止后反而加重，但无里急后重。
3.急性坏死性出血性小肠炎：青少年多见，毒血症严重，短期内出现休克，常有全腹压痛与严重腹胀，大便镜检以红细胞为主，培养无痢菌生长。
慢性菌痢须与下列疾病相鉴别：
1.直肠、结肠癌：中年以后发病率较高，病情顽固，抗菌剂疗效不佳，全身状况差并且呈进行性。一般来讲，对慢性患者，均应尽早肛检或内窥镜检。
2.肠结核：常呈腹泻与便秘交替，多有午后低热，盗汗，消瘦等一般结核病中毒等症状，腹痛多在右下腹，可扪及包块，血沉增速，X线钡剂、内窥镜检以及抗痨治疗有助诊断。
3.非特异性溃疡性结肠炎：病程较长，内窥镜可视肠粘膜充血、水肿及溃疡形成，粘膜松脆易于出血，抗菌剂治疗多无效，需用皮质激素与免疫抑制剂。血清中有对肠粘膜上皮细胞的脂多糖抗体。