流脑发病初期类似感冒，流鼻涕、咳嗽、头痛发热等。病菌进入脑脊液后，头痛加剧，嗜睡、颈部强直、有喷射状呕吐和昏迷休克等危重症状。由于流脑临床类型较多，有些病人最初可表现为上呼吸道感染症状，不容易引起重视。因此，在该病流行期间，如果发现有不明原因的发热、头痛、咽喉疼痛等症状，应及时到诊所就诊。流脑一般有三种类型，分别是：
普通型——先有上呼吸道感染症状但不很明显，突然发热头痛、呕吐（常呈喷射状呕吐）、嗜睡或惊厥，乳幼儿常表现烦躁嗜睡交替出现，双目凝视、尖声哭叫、拒奶、易惊等。多数病人在发病数小时内皮肤黏膜出现瘀点或瘀斑，呈暗红色或紫红色大小不等，分布不匀。
休克型———在流行季节突然发热、头痛、面色发灰、四肢发凉，皮肤上有大量瘀点常常融合成片，重者血压下降，神志不清。
脑膜脑炎型———高热，剧烈头痛，烦躁不安，明显嗜睡，重者抽搐、昏迷。