一、科属区别
1、草鱼：草鱼为动物界、脊索动物门、脊椎动物亚门、辐鳍鱼纲、新鳍亚纲、鲤形目、鲤亚目、鲤科、雅罗鱼亚科、草鱼属淡水鱼类。
2、鲤鱼：鲤鱼为动物界、脊索动物门、脊椎动物亚门、硬骨鱼纲、辐鳍亚纲、鲤形目、鲤亚目、鲤科、鲤亚科、鲤属淡水鱼类。
二、形态区别
1、草鱼：草鱼呈圆筒形，头部稍平扁，尾部侧扁，口弧形，无须，上颌略长于下颌，吻非常短，体浅茶黄色，背部青灰，腹部灰白，胸、腹鳍略带灰黄，其他各鳍浅灰色，体较长，腹部无棱，头部平扁，尾部侧扁，背鳍和臀鳍均无硬刺，背鳍和腹鳍相对。
2、鲤鱼：鲤鱼身体侧扁而腹部圆，口呈马蹄形，有须2对，鳞有十字纹理，死后鳞不反白，有从头至尾的胁鳞一道，不论鱼的大小都有三十六鳞，每鳞上有小黑点，背鳍基部较长，背鳍和臀鳍均有一根粗壮带锯齿的硬棘，体侧金黄色，尾鳍下叶橙红色。
三、食性区别
1、草鱼：草鱼为典型的草食性鱼类，鱼苗阶段摄食浮游动物，幼鱼期兼食昆虫、蚯蚓、藻类和浮萍等，体长约达10厘米以上时完全摄食水生高等植物，其中尤以禾本科植物为多。
2、鲤鱼：鲤鱼属于底栖杂食性鱼类，荤素兼食，饵谱广泛，如软体动物、高等水生植物碎片、底栖动物、细小的藻类或人工合成饵料都吃，在自然条件下食物偏重于动物性食物。
四、习性区别
1、草鱼：草鱼栖息于江河、湖泊等水域的中、下层和近岸多水草区域，具有河湖洄游习性，性成熟的个体在江河、水库等流水中产卵，产卵后的亲鱼和幼鱼进入支流及通江湖泊中，通常在被水淹没的浅滩草地和泛水区域及干支流附属水体(湖泊、小河、港道等水草丛生地带)摄食育肥。
2、鲤鱼：鲤鱼是底栖性鱼类，常单独或成小群地生活于平静且水草丛生的泥底的池塘、湖泊、河流中，但这并不是说鲤鱼的活动区域一成不变，季候变化、水温冷暖、风力风向、气压高低、朔望更替、水质清浊、水流大小、水位涨落、水体溶氧、饵物环境等都会随时改变其活动区域。
五、觅食区别
1、草鱼：草鱼适应能力很强，在0～38摄氏度的温度范围内都能生存，但要求水质清瘦，其食欲与水温及水质有关，水温在25～30摄氏度时摄食量最大，日摄食量可达体重的40%，水温在20摄氏度以下时摄食量明显下降，水温低于5摄氏度时停止摄食。
2、鲤鱼：鲤鱼是低等变温动物，无须靠消耗能量以维持恒定体温，摄食总量并不大，同时因属于无胃鱼种且肠道细短，新陈代谢速度快，故少吃勤食，而且鲤鱼的消化功能同水温关系极大，20℃左右时食欲最为旺盛，水温低于10℃活动量会大为降低，水温低于2℃基本不觅食。