一、来源不同
1、土鲮鱼：土鲮鱼是我国本土的鲮鱼，别称雪鲮、鲮公、花鲮等，在我国除了福建南部以外只分布在北纬25°以南的海南岛、台湾、珠江、澜沧江、元江等地，尤以珠江西段最常见。
2、麦鲮鱼：麦鲮鱼是我国引进的鲮鱼，学名麦瑞加拉野鲮，原产于印度、孟加拉国等地，在印度是四大养殖鱼类之一，1982年从印度引入我国，现广泛分布于海南、广西、广东等地。
二、形态不同
1、土鲮鱼：土鲮鱼体梭形，侧扁，腹部圆，无腹稜，头短，吻圆钝，口下位，上下颌角质化，须2对，吻须较粗壮，颌须短小，鳞中等大，背鳍无硬刺，尾鳍深分叉，体上部青灰色，腹部银白色，胸鳍后上方有8～9个鳞片形成的菱形斑块。
2、麦鲮鱼：麦鲮鱼体呈长圆形，体高相当于头长，圆鳞，头无鳞，吻钝，嘴阔，单对短吻须，背鳍起始处距头部比尾部更近，背鳍与体高同高，胸鳍比头短，尾鳍深分叉，背部通常深灰色，腹部银色，背鳍灰色，胸、腹、臀鳍尖端桔黄色。
三、体型不同
1、土鲮鱼：土鲮鱼属于小型鱼类，常见个体在500克以内，最大个体可达4千克，在自然条件下1龄鱼体重约100克、2龄鱼体重约150克、3龄鱼体重350克、4龄鱼体重约500克。
2、麦鲮鱼：麦鲮鱼属于中型鱼类，与土鲮鱼相比麦鲮鱼的生长速度要快得多，常见个体一般1～2千克，最大个体可达8千克以上，在自然条件下3龄鱼的体重就可达1～2千克。
四、肉质不同
1、土鲮鱼：土鲮鱼的肉质细嫩、味道鲜美，不管是红烧还是煲汤都非常美味，美中不足的是个体偏小且鱼刺略多。
2、麦鲮鱼：麦鲮鱼的口感远不如土鲮鱼，肉质有点柴，味道也不如土鲮鱼鲜美，甚至比不上鲤鱼、草鱼、鳊鱼等。