《慈悲三昧水忏》共上中下三卷，今收于《大正新修大藏经》第四十五册，卷前有《御制水忏序》(末署成于永乐十四年七月初一日)和《慈悲道场水忏序》。
其名称中的“慈”意为予乐，“悲”意为拔苦；“三昧”本是定的意思，“三昧水”则是由迦诺迦尊者的三昧力加持而成的三昧法水，系指佛法的般若智慧甘露水，可以涤清众生的业障；“忏”代表忏悔，指忏悔过去的业。
“慈悲三昧水忏”即指在慈悲清净的定境中，以佛法的甘露水洗涤业障和内心的烦恼，以现出拜忏者本来人性的智慧和福德。其正文的形式亦如其他忏法书，首先说明了建立水忏道场的意义及其功用，令修忏者发心皈依诸佛菩萨。其次举忏悔文，令修忏者兴起惭愧心、恐怖心、厌离心、菩提心、怨亲平等心、念报佛恩心、观罪性空心等七种心以忏悔烦恼障、业障、果报障等三障。忏悔终了，最后需以忏悔三障所生的功德回向施主与一切众生。
在实际薰修方面，水忏的实用性更强，自唐末以后的一千多年来，水忏法会风行各地，僧俗佛子都爱修此忏法，或自修，或请人代修，用来消灾祈福、超荐亡故亲友或冤亲债主，回向六道众生。许多寺庙特别规定每月举办一次，以致现代只要提到佛教的忏悔法门，人们一般都会想到粱皇宝忏和水忏。
罪从心起将心忏
知过改过是一种大智慧，因为人的自我完善以及智慧的开发往往是通过知过改过来实现的。因此，六祖言：“改过必生智慧，护短心内非贤。”佛法中，忏悔是改往修来的具体方法。忏悔可以分为事忏和理忏两大类。
事忏就是举行种种忏悔仪式，如三昧水忏、梁皇忏、大悲忏等。通过礼拜诸佛，供养三宝来忏悔业障罪根，清净身心。
理忏则是通过观诸法性空，无实自体可得，了悟罪性也是空的道理，从而达到净心止恶，即所谓“罪从心起将心忏，心若灭时罪亦亡。心亡罪灭两俱空，是则名为真忏悔”。
《水忏》的来源悟达禅师与人面疮
慈悲三昧水忏的作者悟达国师，生于唐朝，四川湄洲人，俗姓陈，七岁出家法名为知玄，十四岁时即为皇帝、大臣、文武百官一万人等讲经说法，人称“陈菩萨”。
知玄法师年少参访丛林，为云水僧时，有一天途经京师，在长安京都某寺挂单，遇到了一位西域僧人。这位僧人生了一种“迦摩罗”的恶疾，全身生疮，发出冲鼻难闻的秽气，无人理睬。知玄住于他隔壁，怜愍他的病苦，耐心为他擦洗敷药，常去照顾他。病僧癒后，感激知玄的德风道义，就对他说：“我要走了，将来你有难临身时，不妨到四川彭州九陇山来找我，我会设法解救你的灾难。记住在有两棵大松树并立的标志，那就是我居住的地方。”
在唐武宗会昌法难之后，佛教遭遇空前浩劫，至唐懿宗登基时极欲振兴佛教。唐懿宗非常欣仰其德风，遂迎请知玄法师与外道众徒辩论，彻底粉碎一切外道邪见，佛教因此再度振兴，知玄法师也因此成为全国佛教界的领袖。
知玄法师亦因为德行高深，备受唐懿宗的尊崇，咸通十年(公元八六九年)，懿宗皇帝并亲自求教佛法，亲临安国寺，钦赐檀香讲经法座。座高二丈，以坛香为材，用金丝镶成龙凤花纹，旁设磴道，并尊他为国师。
国师升堂讲经时，以一念骄慢心生起，于座上看见一珠飞入左膝盖，旋即生出一个人面疮来，有眉有眼，有口有齿，与人面一样，每天需要饮食喂他，疮像人一样开口啖食。知玄法师痛苦万状，虽召请了各地名医，但皆摇手逊称无药可医。
国师遍揽群医，都无法医治，正在束手无策时，忽忆起昔日西域僧人的话，于是前往西蜀入九陇山去寻找。一日，傍晚时分，山路难行，正不知如何是好时，忽然看见两棵并立的松树，国师心中大喜，快步走向前去，只见广阔的殿堂，金碧辉煌，那位僧人已站在门前，国师将所患怪疾的痛苦相告。西域僧人指着松旁的溪水道：“不用担心，用这清泉可以去除你的病苦。”
翌日清晨，僧人命一孩童带路，引领国师到岩下清泉之畔。国师刚欲以泉水洗膝上人面疮时，不料人面疮竟忽然出声开口说：“不要洗！不要洗！”国师惊问：“为什么？”疮说：“您曾否读过西汉史书，袁盎与晁错传呢？”国师回答：“曾读过”。
原来西汉时代，袁盎和晁错两人素来不合，不同坐也不共语。汉景帝时晁错为御史大夫，其个性非常的刚直忠心，他提议要削去诸侯的封地，以免他们的势力日日强大。但当景帝削去吴、楚等七国的封地后，吴、楚等七国竟然联合起来造反。当时的袁盎趁这个机会向景帝进言，必需杀晁错以谢七国，所以景帝听信袁盎的进言，就将晁错斩死在东巿；然后拜袁盎为太常，因此晁错含冤而死。
人面疮开口说：“您既然读过了，何以不知袁盎杀晁错之事？往昔的袁盎就是你，而晁错是我。当吴楚七国造反时，你在帝前谗我，致使斩我于东市。这冤深恨重，十世以来，轮回流转，我一直在找机会报仇，可是你这十世之中皆为高僧，清净戒行，冥冥中有护法在旁保护，故苦无机会可以报复。如今，你受皇上的恩宠待遇丰厚，集朝野礼敬于一身，起贡高我慢之心，动了希名欲利之念，有失道行，因此我才能附着你身。现在蒙迦诺迦尊者慈悲，赐我三昧法水令我解脱，我们之间的夙冤也告终结，从今以后我不再与你为难做对，冤冤相缠。”
悟达国师听后，非常震恐，连忙俯身掬起清水洗涤，一时痛入骨髓，晕绝在地不省人事。苏醒时，膝上的人面疮已不知去向。由此遂明白圣贤浑迹世间，不是凡情所可以测度的，国师欲回寺礼谢尊者，但金碧辉煌的崇楼宝殿，已杳无踪影。
参禅悟道，虽然明心见性，但三世因果业报，却历历分明，谁也逃脱不了。只有广作善事，多结善缘，忏悔消业，灭罪离愆，方可得救。在自性上虽然没有罪业可言，但在事相上因果俨然，丝毫不爽，所谓现报、生报、后报，但不会不报。悟达国师所幸遇圣僧迦诺迦尊者，施药护病，尊者报以解冤消业。后悟达国师作《慈悲三昧水忏》，简称《水忏》，流行于世，普劝世人“但愿随缘消旧业，更莫招愆造新殃”，三世业报，可不慎哉？
附注：
在印度佛教律仪中，男众比丘称“大德僧”；女众比丘尼称“大姐僧”。中国则于历代各朝中均有帝王加封德学兼备，可为一国师表的高僧为“国师”，含有一国民众之师、帝王之师等意，如悟达国师、玉琳国师等。