柯尔克孜族也和其他信奉伊斯兰教的民族一样有着许多的禁忌：
饮食禁忌
在食肉方面，他们忌食猪、狗、骡、驴肉和未经宰杀而死亡的畜生。要膳前要洗手，饭后也要洗手，洗完后手上的水珠不能乱甩，必须用毛巾擦干净；主人给客人端出的食品，客人要吃，但不能吃干净，要剩下一点还给主人；家里来了尊贵的客人，一般主人要杀羊热情款待，并请客人中的长者先吃羊头，表示尊重；来到柯尔克孜族家中作客时，不能随便揭开厨房的布帘看，参加婚礼时，也不能揭开新房的门帘看；新婚时，公公不能看见媳妇的面孔；客人出门时要背朝门外退出；牧民出门，搬迁也有具体的规定，一般单日不搬家，单日不出门、主麻日（星期五）不走远路等等。柯尔克孜族的这些禁忌除了受到伊斯兰教的影响外，还受到萨满教的影响。
婚姻禁忌
迎亲日，新郎在迎亲人的陪同下骑马到女方家，女方女眷友好迎之，男眷却手持绳索，将新郎五花大绑捆在帐篷（或门）前，然后捆绑新娘并将一对新人栓在一起。新人不可流露不满情绪或恼怒，否则于亲事不吉。直到新郎父兄向女方亲友“求情”再三，新人才可被“释放”。
生活禁忌
两人对面谈话时，忌咳嗽、擤鼻涕、打哈欠等。否则认为对对方不敬。忌媳妇的臀部对着长辈，故媳妇自屋里出来时，禁忌转身，只可退着出来。客人出门时亦应背朝门退出。最忌撒谎、欺骗和赌咒，若发现，轻者受训，重者引起公愤，甚至被逐出村。