拉祜族的宗教信仰有原始宗教、大乘佛教、基督教和天主教。其中，原始宗教在拉祜族的信仰体系中占主导地位。
万物有灵论
拉祜族认为，世间万物均有灵魂，而灵魂大体可分为两类，一类是保护人的，一类是害人的。由于拉祜族尚未形成“鬼”、“神”区分的观念，因而不管是佑人的神还是害人的鬼都可混称。例如，寨神亦叫寨鬼，家神又叫做家堂鬼等等。在拉祜族的鬼神观念中，除了自然物和自然现象鬼外，还有诸多反映社会现象的鬼，如头痛鬼、肚痛鬼、冤死鬼及傣族的“娃哈尼”、“琵琶尼”等。在众多的鬼神中，天神厄莎被认为最大的神，世界万物都是它创造的。然而，正如“鬼”“神”区分的观念尚未形成一样，厄莎虽是最高神灵，其他鬼神对它并没有明确的隶属关系。基于万物有灵的思想，拉祜族把一切自然灾害和人生的祝福疾病都看作是鬼神的意志，为了祈福消灾，生产生活中了对鬼神的祭祀活动。
图腾财崇拜葫芦
在拉祜族民间广泛流传着葫芦孕育人种和人类源自葫芦的传说。至今仍将葫芦视为吉祥、神圣之物，人们喜将葫芦籽缝在小孩的衣领或帕子上，而妇女的服装及围巾、包头上也多有彩线绣制的葫芦和葫芦花图案，拉祜族认为穿了这种服装魔鬼便无法近身，孩子能健康成长，妇女能终年平安。在拉祜族看来，如果姑娘的胸部、腹部和臀部外形与葫芦相似，那么，不仅姑娘健康美丽，将来还会多子多女。情人们相互赠送的信物上也绣有葫芦花和葫芦的图案，以此象征爱情的纯洁与神圣。
巫师“魔巴”
拉祜族巫师称为“魔巴”。魔巴主持各种原始宗教仪式，为人驱鬼、治病、合婚、安灵。魔巴主要由男性担任，也有极少数女魔巴，可世袭，但大多数是跟着老魔巴慢慢学会的。魔巴不脱离生产，没有法衣法器，靠占卜、念咒语和杀牲来驱鬼祭神。其占卜种类有鸡骨卜、羊肝卜、草卜等，经占卜确认鬼的种类及杀牲的大小、数量和时间。魔巴除占卜、念经外，还兼行草医，并熟知本民族的历史文化，在社会上有一定威望。
大乘佛教
拉祜族地区的大乘佛教是清初由大理白族僧侣传入的。佛教在拉祜族地区传播期间，汉族的天文历法、医药学、农业生产技术及父系意识等也相继传入拉祜族地区，对拉祜族经济文化的发展起到了积极作用。
基督教
1920年基督教传入拉祜族地区。首先传教士先入驻澜沧。随后逐渐发展到双江、沧源、耿马等地。到20世纪30年代，仅澜沧县教堂学校就有上百所，教徒达20000多人。继基督教之后，天主教也于20世纪20年代传入拉祜族地区，但其传播范围不及基督教，信者不多。