历史上，柯尔克孜人最早信仰萨满教。约在公元10世纪柯尔克孜人的意识中还充满着崇拜自然神的宗教观念，主要是水神和草神。这跟当时柯尔克孜人(时称黠戛斯)以游动的畜牧业经济为生有密切关系。
由于当时生产发展水平低下，人们对自然界的种种自发现象(如天旱缺水、牧草枯萎等)无法理解而又无力抗拒，于是相信在这些现象后面有超自然的力量，即有神灵在主宰着。因为水和草对于人和牲畜来说太重要了，所以柯尔克孜人对主宰着这两者的神最为崇拜。同时，他们还崇拜大自然的其他现象。
柯尔克孜人最初是崇拜图腾。有名的图腾是雪豹和鹿，柯尔克孜族世界着名作家艾特玛托夫的小说《白轮船》讲述的也是跟母鹿有关)。除此，还信仰“乌买”女神信奉祖先和天神，他们朝南方祷告，崇拜太阳，认为火星不吉利。
到了清代，才转信伊斯兰教，属于正统的逊尼派。柯尔克孜族绝大部分人信仰伊斯兰教。他们早在16世纪中叶就已经开始信奉伊斯兰教了。他们信仰伊斯兰教逊尼派的哈纳菲派。礼拜寺是教徒活动的主要场所。礼拜寺多数建在城市。教规五功：“念功”、“拜功”、“课功”、“斋功”、“朝功”。
宗教禁忌
忌踩盐和食物。盐和食物自古被族人视为神圣物品，故认为踩踏盐与食物为极大罪过。此外，古代柯尔克孜人还忌跨越象征食物宝藏的餐布，忌坐由牲畜绒毛搓成的毛绳，忌跨越花绳(据传该族视狼为图腾，而狼跨越花绳)等原始宗教性禁忌习俗。
忌对月亮、星星诉苦。该族先民认为星代表人的生命，是人的命星，月是冷神，向其诉苦是一种罪过。
忌傍晚睡觉，易被妖魔缠身。
忌晚上往外拿白色的东西。因奶为白色，是该族主要食品，故视白为财富、为幸运、为神圣色。晚上从家里往外拿白色的东西，这等于拿走财富与幸福。
忌黑，认为黑色可引起恐惧，带来灾难，为邪恶、黑暗、绝望之象征，故除丧礼中穿黑色衣服外，日常生活中忌讳黑色。