柯尔克孜语属阿勒泰语系突厥语族，有皆盖、特斯开两种方言。词汇的多源性是柯尔克孜语的一个特点。皆盖方言是柯尔克孜族现代书面标准语和文学语言的基础。皆盖方言因受哈萨克语影响，畜牧业词汇较丰富，有较多的哈萨克语借词及柯尔克孜语与哈萨克语结合而成的词汇和土语。特斯开方言则因受维吾尔语影响，农业词汇较丰富，有较多的维吾尔语借词及柯尔克孜语与维吾尔语结合而成的词汇和土语。但这两种方言只是在某些语音、词汇和土语上有所差别。
居住在克孜勒苏柯尔克孜自治州的柯尔克孜族大都使用本民族语言。居住在阿克陶县与维吾尔族杂居的柯尔克孜居民，大部分通用或兼用维吾尔语。居住在北疆伊犁地区特克斯县一带与哈萨克族杂居的柯尔克孜居民则大部分通用或兼用哈萨克语。塔城地区额敏县与哈萨克族、蒙古族杂居的柯尔克孜居民，大部分通用或兼用哈萨克语、蒙古语。黑龙江省富裕县的柯尔克孜族居民除保留了古代柯尔克孜语的许多特点外，由于与蒙古族、汉族长期杂居，因此也通用或兼用蒙古语、汉语。
中华人民共和国成立后，伴随着各民族间经济文化交流的日益频繁与深入，生活在城镇、厂矿的柯尔克孜居民，尤其是青少年，大都兼通汉语汉文。
古柯尔克孜文，即用如尼字母拼写的叶尼塞文今已失传。这种在公元前2世纪由古柯尔克孜人创用的象形文字“鄂尔浑――叶尼塞文”，或称如尼文，至公元5世纪已渐臻成熟。出土于叶尼塞河流域的中国唐朝时期的《阙特勒碑》就是用如尼文和汉文镌刻而成的。13世纪以后，随着柯尔克孜族逐渐迁居天山和帕米尔高原并改信伊斯兰教，“察合台语文”在柯尔克孜族中得到广泛使用。中华人民共和国成立前，南疆的柯尔克孜族居民通用维吾尔文，北疆的柯尔克孜族通用哈萨克文，黑龙江省富裕县的柯尔克孜族居民或使用汉文，或使用蒙古文。
中华人民共和国成立后，在人民政府的关怀下，柯尔克孜族人民终于有了自己的文字，相继使用斯拉夫字母、阿拉伯字母及拉丁字母拼写的柯尔克孜文。当前使用的是以察合台文为基础并经改革的新柯尔克孜文。