在防治小麦根腐病时，可以采用的防治方法不止一种，从选种时就要加强小麦根腐病的防治，选择抗病性和抗逆性较强的品种，在播种前放入配制好的农药中浸泡，每隔一周喷洒1-2次多菌灵药剂进行消毒灭菌。
小麦根腐病的防治方法1、抗病品种
为了降低小麦感染根腐病的几率，就要选择抗病性和抗逆性较强的品种，九三112、九三82或者九三104等品种都不错，这些品种的幼苗抗根腐病能力强。或者选择M13、原436或者元463等品种，这些品种的籽粒也抗根腐病。
2、拌种方法
在防治小麦根腐病时，挑选籽粒饱满且无破损病害的种子，将小麦种子放入到配制好的农药中浸泡一段时间，减少植株的感染病害的几率。将小麦种子放置在太阳下晾晒1-2天，以保证小麦后期的健壮生长。
3、翻耕土壤
播种繁殖小麦前，翻耕30厘米的土壤，除去土壤中的碎根和碎石，使土壤变得更加松软。然后，向土壤中喷洒除菌药剂，消灭土壤中的致病真菌和虫卵。小麦与非寄主作物轮作1-2年，以提高其抗病性。
4、喷洒药剂
经常观察植株的生长状态，当发现小麦有根腐病迹象时，每隔一周喷洒1-2次多菌灵药剂，为其消毒灭菌，维持小麦正常生长，并且在暴雨时节，要为小麦排出土壤中的积水，以免植株根部腐烂。