苹果树在萌芽后，最好在一个月之内完成抹芽。苹果树抹芽的目的是平衡树体内的营养输送，以及改善光照条件等。
在给苹果树抹芽时，主要抹除树干上距离地面50厘米以下的萌芽、剪锯口附近的萌芽、过密芽及背上直立旺长的嫩芽。
一般建议对发芽多的果树抹掉部分的多余芽，苹果树发芽后会长出很多新芽，当发芽过多时就要抹除一部分多余的芽。
注意，种植第1年的苹果树，不用进行整枝抹芽，可以随意生长。
不同品种苹果树的发芽时间不同，当部分苹果树发芽之后，约长到5厘米的长度，即可对苹果树打农药，以预防病虫害的侵害，防虫药可以使用一些防病杀菌的药。