枸杞酒具有滋补虚弱、益精气、去冷风、壮阳道、止泪、健腰脚等功能，常饮筋骨强健，延年益寿，根据殷商甲骨文关于枸杞的记载以及我国考古发掘出土的酒具、酒器推断，中国酿造枸杞酒的历史可以追溯到夏商时期，距今超过4000年的历史。
枸杞种植历史与"酒"字密不可分，"酒"字在殷商甲骨卜辞中出现的很多。上世纪七十年代以来，陕西岐山县等地陆续出土了大批先周及西周早期的甲骨卜辞，这些卜辞与殷商甲骨卜辞在时代上一脉相承，在内容上基本相同。特别是西周甲骨卜辞的一些内容与《诗经》的一些内容能够完全互证。《诗经》中对于枸杞的歌咏很多，经常把枸杞与贤惠的君子和忠贞的爱情等精神向往紧密联系，任意比兴，纵情歌咏，甚至将沾满露水珠的晶莹透红的枸杞与神圣的宗庙祭祀、喝不醉不归的盛大宴饮联系在-起大唱赞歌，使人感到枸杞与酒成了红红火火的激情象征，盛大宴饮的礼仪高潮，神圣祭祀的灵魂导引。这说明在西周时代枸杞就已走红人们的精神世界与物质世界，唱红了当时的社会生活，由此上溯殷商甲骨卜辞中出现枸杞的记载不但事出必然，而且开辟了《诗经》歌咏枸杞的先河。
从古文献记载看，"杞"树与"枸"树是两个不同树种，《诗经·小雅》"南山有杞"、"南山有枸"就是明证。古人将枸树鲜果封入大缸自然发酵，酿成酒后，芳香四溢，甘美味醇，称为"枸酱"酒，在西汉时就已名扬海内，为皇家贡品，人们将"枸酱"酒称为原始茅台；"杞"果从夏商以来就成为人们食用的珍品果实与佳酿美酒原料。汉代已将酿造美酒的"枸"树与"杞"树比美，称"杞"树为"枸杞"，其意就是盛赞"枸"树酿造的"枸酱"酒同"杞"树酿造的美酒一样甘美异常。
"杞"树果实的采摘食用以及作为贵重礼品赏赐于人，早见于甲骨卜辞的记载。据考古发掘，河南伊川大莘遗址出土了距今8600年至8800年红陶三足钵，这是我国目前发现的最早的实用饮酒器具。我国的磁山文化遗址、三星堆文化遗址和大汶口文化遗址出土了距今7000年至5000年左右的杯、壶等陶器或青铜酒器。以上说明我国酿酒在夏朝或夏朝以前就已开始。枸杞作为天然酿酒的原料树种，在殷商甲骨卜辞中多有记载，这既是枸杞种植于夏商时期的第一手证据，也是枸杞作为夏商酿酒原料的直接证据。殷商甲骨卜辞对枸杞和酒的记载与古文献中关于夏商时代人们喜好饮酒的记载是完全一致的。
杞酒文化自古有之，但是，千百年来，杞酒文化一直处于低靡时期，加之国民之习惯，药物保健酒其功效概念往往使其难上餐桌，杞酒成为民间百姓饭余茶后，零星饮用的药酒。