虽然西瓜是很好的食品，但吃西瓜也有禁忌。
不能一次吃得过多西瓜是生冷之物，一次吃多了易伤脾胃。脾胃虚寒、消化不良、大便溏泄者尤应少吃，否则会导致腹胀腹泻、食欲下降、积寒助湿。西瓜所含的大量水分还会冲淡胃液，引起消化不良和胃肠道抵抗力下降。
不能吃过凉的西瓜吃冷藏时间较长的西瓜更容易伤脾胃。因为突然遇到过凉的食物，胃平滑肌和黏膜的血管会出现收缩，甚至痉挛，引起胃痛或加重胃病。另外，还可能引起咽喉炎或加重咽部炎症。
感冒初期不能吃西瓜中医认为，无论是风寒感冒还是风热感冒，在感冒初期吃西瓜，相当于服用清内热的药物。这样会引邪入内，使感冒加重或延长病程。但是当感冒加重，出现高热、口渴、咽痛、尿黄赤等内热症，在正常用药的同时，适当吃些西瓜有助于病人痊愈。
不能吃打开时间过久的西瓜夏季气温高，适宜细菌繁殖，如果吃打开时间过久、已被病菌污染的西瓜，就会导致胃肠道传染病。