远古时代，瑶池宫里住着西天王母的第二十三个女儿，名瑶姬。她在紫清阙里，向三元仙君学得了变化无穷的仙术，被封为云华夫人，专司教导仙童玉女之职。
瑶姬生性好动，那里耐得住仙宫里那般寂寞生活。一日，她终于带着待从，悄悄地离开了仙宫，遨游东海。但是，当她看见大海的暴风狂涛，给人间造成严重的灾难时，便出东海腾云西去。一路上，仙女们飞越千峰万岭，阅尽人间奇景，好不欢快。岂料来到云雨茫茫的巫山上空，却见十二条蛟龙正在兴风作浪，危害人民。瑶姬大怒，她决心替人间除龙消灾。于是，按住云头，用手轻轻一指，但闻惊雷滚滚，地动山摇。
待到风平浪静，十二条蛟龙的尸体已化作十二座大山，堵住了巫峡，壅塞了长江，使得滔滔江水，漫向田园、城廓，今天的四川一带变成了一片汪洋大海。
为着治理水患，治水英雄夏禹当即从黄河来到长江。然而，山势这般高，水势这般急，采用开山疏水之法，谈何容易。正当夏禹焦急万分的时候，瑶姬为夏禹百折不挠的精神所感动，乃唤来黄摩、童津等六位侍臣，施展仙术，助夏禹疏导了三峡水道，让洪水畅通东海。夏禹得知神女暗中相助，便登上巫山，找瑶姬致谢。上得山来，只见眼前一块婷婷玉立的青石；不一会，青石化为一缕青烟，袅袅升起；继而又形成团团青云，霏霏细雨，游龙、彩凤、白鹤飞翔于山峦峡谷之间……夏禹正在纳闷，美丽动人的瑶姬突然出现在他面前。瑶姬说："你治水有功，但还要懂得天地间事物变化的道理。"边说边取出一部治水用的黄绫宝卷送给夏禹。
水患虽已治理，瑶姬并未离去，她仍然屹立在巫山之巅，为行船指点航路，为百姓驱除虎豹，为人间耕云播雨，为治病育种灵芝。年复一年，她忘记了西天，也忘记了自己，终于变成了那座令人向往的神女峰；她的待从也化作一座座山峰，像一块块屏障，一名名卫士，静静地守立在神女的身旁。
神女峰的传说，在巫山地区流传甚广，其说不一，古代巫山百姓为了纪念他们心目中神女，尊称她为“妙用真人”，在飞凤峰山麓，为她修建了一座凝真观(即神女庙)。山腰上的一块平台，即神女向夏禹授书的授书台。