高旻寺是清代扬州八大名刹之一，它与镇江金山寺、常州天宁寺、宁波天童寺全称我国佛教禅宗的四大丛林。高旻寺不仅在国内享有盛名，而且影响远及东南亚各国。1983年，国务院宗教事务局正式将高旻寺列为全国重点寺观之一。高旻寺道风高峻精严，在中国佛教史，特别是禅宗史上享有极高的地位。《清宫扬州御档选编》中涉及高旻寺的折件有11件之多，其中康熙朝2件，雍正朝1件，乾隆朝7件，嘉庆朝1件。
高旻寺景区有寺院和行宫两部分。乾隆六次南巡，均曾于高旻寺行宫中驻跸。寺庙现存古建筑有老禅堂、念佛堂、藏经楼、玉佛堂、西楼、水架凉亭和寮房等。
传高旻寺创建于隋代，屡兴屡废，且数易其名，清初重建为行宫。
康熙四十二年（公园1703年），康熙第四次南巡扬州时，曾登临寺内天中塔，极顶四眺，有高入天际之感，故书额赐名为“高旻寺”。康熙第五、六次南巡，乾隆的六次南巡，均曾驻跸于高旻寺行宫。
1990年新建禅堂一座，高18米，呈不等边八面体近圆结构，建筑面积365平方米，外观雄伟，内室宽敞，集古今建筑特色于一炉，系香港陈鸿琛居士投资50万元兴建。
缅甸洞缪观音寺住持惟静法师赠送坐式、卧式玉佛各一尊，为古刹生辉。
于1996年全部完工的大雄宝殿，长40米，宽33米，高30米，面积1320平方米，气势不凡。
规划待建的还有天王殿、方丈室、法堂、如意寮、延寿堂及西花园等，昔日名刹景观将不断恢复，高旻寺将成为扬州市的一个重要的宗教活动场所和旅游景点。
康熙帝赐名“高旻寺”始末
相传高旻寺始建于隋，至康熙年间，高旻寺声誉日隆、规模渐大，这与《红楼梦》作者曹雪芹的祖父曹寅有密切关系。
康熙三十八年，康熙帝第三次南巡至扬州，见寺内天中塔年久失修，欲颁内帑修葺，为皇太后祝寿祈福。江宁织造曹寅、苏州织造李煦和两淮盐商得到消息，"不待期会，踊跃赴功"，争相捐金修缮天中塔，增扩庙宇。康熙四十二年第四次南巡时见此，龙心大悦，他登天中塔南眺金山、北望蜀冈，顿觉"旻天兮清凉，玄气兮高朗"，因此赐名高旻寺。此名一直沿用至今。
康熙南巡回京后将皇宫内的一尊脱纱药师如来泥金佛像赐给高旻寺供奉。曹寅在这年十二月初二日专门呈上奏折上谢皇帝恩典，并奏报“臣寅于十二月初二日谨率属官商民人等，俯伏迎接，望阙叩头，焚香跪谈，百万商民欢呼动地，仰瞻圣孝帝训”。为了安置御赐金佛和碑石，曹寅等又在高旻寺的正殿后面建了金佛殿和御碑亭。此时的高旻寺已初具规模，地位跃居扬州八大名刹之列。
值得一提的是，曹寅在该奏折中还提到“所有两淮商民顶戴皇恩，无由仰报，于臣寅未点差之前，敬于高旻寺西起建行宫。工程将竣，群望南巡驻跸，共遂瞻天仰圣之愿。”康熙在奏折上朱批“行宫可以不必”“知道了”，实际上是默许了建行宫一事。
康熙四十四年三月，康熙第五次南巡，即在落成不久的高旻寺行宫下榻。行宫的奢华，使康熙帝想到了汉文帝筑惜露台被后世议论，隋炀帝沉湎琼花而江山易主，于是写下了一首自警诗——《述怀近体诗》并序。诗云：
又驻塔湾见物华，先存篰屋重桑麻。
惠风遍拂维扬市，沛泽均沾吴越家。
作鉴道君开艮岳，长嘘炀帝溺琼花。
浇胸经史安邦用，莫遣争能纵欲奢。
尽管如此，康熙还是一反“一日即过”的惯例，在高旻寺行宫一住就是六天，进宴演戏，观望灯船，欣赏四处景致，犒赏官员及盐商。曹寅因修庙和接驾有功，给予通政使司通政使衔，并与李煦交替担任两淮巡盐（盐运）御史。有学者研究认为，《红楼梦》中元妃省亲修建大观园，就是以曹寅等人为康熙南巡修建高旻寺行宫为背景和原型的。因此，高旻寺行宫的奢华程度，亦可在《红楼梦》大观园的描写中略见一斑。
康熙四十三年十二月初十日，曹寅在《奏为僧人纪荫出任高旻寺主持事》折中，报告了寻访纪荫出任高旻寺主持的经过，并请皇上恩准。实际上，在曹寅向康熙推荐之前，康熙就曾召见过纪荫，对纪荫颇为欣赏和信任。此次又是曹寅推荐，康熙自然同意，朱批“知道了”，于是纪荫和尚便成为清代高旻寺的第一代住持。康熙帝第五次南巡时还专门写了一首《赠僧纪荫诗》：
春梦深沉新刹中，陡闻清磬在邻东。
方疑般若真非相，不解金经尽是空。
鼻竖眉横无著落，胸宽意阔有尘笼。
毫光咫尺临高眺，满目江干淑景融。
除上述诗词外，康熙在南巡驻跸高旻寺行宫时，还赐“晴川远适”“禅悦凝远”“绿荫轩”匾额三块，“殿洒杨枝水，炉焚柏子香”“松梢香露滋瑶草，庭畔熏风和玉琴”“龙归法座听禅偈，鹤傍松烟养道心”等楹联多副。
雍正帝亲自过问方丈人选
扬州晚报报道指出，雍正帝对高旻寺也是关爱有加。《选编》收录雍正朝僧明慧的奏折《遵旨覆奏拟以明纯为扬州高旻寺方丈并安排该员进京等事》，反映的正是雍正皇帝对高旻寺方丈人选的关注。奏折先引述雍正于十一年十一月的朱笔批示“住持禅师可斟酌一与常住有益者住之。……必得能整理服众之人方妙，不然恐招人笑”，随后又向皇帝报告“江南扬州府高旻寺住持谨拟明纯为方丈，明智帮扶料理常住事务”。
雍正亲自过问的高旻寺方丈并不止明纯一位，次年钦命的方丈天慧实彻禅师，更成为高旻寺中兴之祖，而且，禅宗寺院后来十分注重的“打禅七”得到传承，与雍正、天慧实彻禅师以及高旻寺密切相关。
雍正皇帝喜欢读佛书古典，甚至自己编著了佛教禅宗语录《御选语录》。据传，他在看了玉琳国师（清初名僧）语录后大为感叹，要寻找玉琳国师的后人，结果找来了玉琳国师门下最得力的弟子天慧实彻禅师。为了使天慧禅师能彻底“悟道”，雍正帝下了一道圣旨，将天慧禅师关在禅房，怕他逃跑特意用大锁锁了门，并把尚方宝剑悬挂在门口，派人守侯，命他七天后要开悟，否则就要杀头。七天过去了，天慧禅师却还没有开悟，急得在禅房里直转圈圈，越跑越快，一头撞在了柱子上，结果一下子就开悟了。雍正帝遂赐紫衣袈裟，并令他住持磬山崇恩寺，次年奉旨住持高旻寺。
天慧住持高旻寺期间，以阐扬禅宗宗风为已任，严明规约，身体力行，清严闻于四方，受到各大丛林的推崇，被尊为“天祖”。后人效其开悟之因缘，加之雍正皇帝的亲自推动，“打禅七”"遂成为禅宗寺院冬参夏学的一种固定模式推广开来。
从此，高旻寺龙象骏兴，名僧辈出，名声大振，丛林盛誉“天下丛林以高旻为规矩”。以至到了今天，高旻寺的“打禅七”活动，其规矩的严格、参与人数的众多，在全国众多寺庙中首屈一指。
乾隆帝赐宝诗赞高旻寺
《选编》收录7件乾隆朝与高旻寺有关的折件，其中4件是前后三任两淮盐政所上奏折。这些资料可以证实，乾隆帝对高旻寺十分厚爱，多次赐予宫中珍宝。乾隆帝六次南巡，无一例外都驻跸高旻寺行宫。他在《自高旻寺行宫再游平山堂即景杂咏六首》诗中自注道：“是日自高旻寺行宫策马度郡城，至天宁行宫，易湖船”。他来扬州，总是先到高旻寺下榻，次日骑马入城，再乘船游览平山堂等处。
据嘉庆《重修扬州府志》，南巡中，乾隆先后为高旻寺作诗22首。一类是依韵和诗，每次南巡驻跸高旻寺行宫，他都要把康熙那首述怀近体诗并序拿出来读一番，表示不忘圣祖力崇节俭圣训，并且要和诗一首。
乾隆帝还曾赐高旻寺“江月澄观”“邗江胜地”等匾额和“潮涌广陵，磬声飞远梵；树连邗水，铃语出天中”“碧汉云开，晴阶分塔影；青郊雨足，春阳起田歌”等楹联。
嘉庆帝规范高旻寺方丈更替管理
嘉庆朝，仁宗颙琰帝专门对高旻寺等寺院方丈的更替下了谕旨。《选编》收录了《晓谕将高旻寺等处方丈更替等事皆由地方官管理》一折，折中披露，因听闻“江南金山寺方丈僧人向由织造衙门点充，经吴璥等奏准，改归地方官经管”，于是奏请将“扬州府之高旻寺、天宁寺，苏州府之怡贤寺，常州府之崇恩寺均照金山寺新定之章程，每届更替方丈，各由本寺公举梵修年久、戒行谨严僧人，报明本官府县官查验，结报督抚衙门核准承充，以资约束。”
寺院的住持（或方丈）是僧众们推选出来的，必须具备几个条件：第一，是禅宗的得法弟子，要确有修持见地，足为大众师范，而且形体端正，无有残缺；第二，要德孚众望，经诸山长老和其他丛林的住持们赞助；第三，需经朝廷官府同意。
据以上奏折可知，江南部分重要寺院，其住持人选，在嘉庆十四年之前，是由江南织造衙门负责任命（曹寅即是以江宁织造身份推举纪荫为高旻寺住持），并须奏报皇帝批准。在此之后，则管理权限由织造衙门转给地方官府。