东乡族信奉伊斯兰教，信教者仅次于回族、维吾尔族和哈萨克族。伊斯兰教对东乡族共同体的形成和发展，以及对东乡族社会、经济的发展都起过重要的作用，对东乡族的风俗、文化、伦理道德都有着深刻的影响。
伊斯兰教在东乡地区兴起大约在明代，但东乡族的先民早在进入东乡族地区以前就已信仰伊斯兰教。传说明代有一位名叫哈木(姆)则的穆斯林领着四十个弟子，自中亚来到和政县南门河坝传教。在举行过祈祷仪式之后，到今东乡族自治县坪庄乡进行传教活动，并在该地建立了哈木(姆)则岭清真寺。哈木则去世后，就葬于此，后人为其修建了拱北。据说，哈木则的四十位弟子中有十四位殁后葬于今东乡族自治县境内。人们还在这些弟子的墓地上修建以各人名字命名的拱北。
清康熙后期，东乡地区伊斯兰教逐渐兴盛起来，此时，伊斯兰教中的不同教派与门宦也随之传入和建立。伊斯兰教与当地政治、社会经济相结合，对东乡地区及东乡族的发展，包括社会文化生活与风俗习惯等产生重大影响。
在东乡族中，伊斯兰教通常分为三大派系，即老教、新教、新兴教(又称色勒夫，俗称三抬)。
老教分为四大派系，即哲赫林也、虎菲也、库不林也、嘎底林也。各大派系又分出若干小支系。西北地区，习惯上把伊斯兰教的这种老教派派系称作“门宦”。“门宦”属于伊斯兰教中的神秘派，在国外称为“苏菲”(阿拉伯语)，在我国新疆称为“依禅”(波斯语)，在甘肃、宁夏、青海一带亦称为“门宦”。东乡族信奉老教(门宦)的人数最多。共有九个门宦，即胡门、白庄、华寺、大拱北、张门、穆夫提、沙沟、海门、风门等。
新教(又称伊赫瓦尼)信徒分布也较广。
新兴教(又称色勒夫，俗称三抬)是解放初期产生的，信徒较少。在东乡族中，各族派门宦都有虔诚的信徙。老教(门宦)传教已有200多年的历史。自清代以来，甘、宁、青地区伊斯兰教门宦的不断兴起，对一些伊斯兰教教旨教义，《古兰经》念诵法及某些祭典的解释有了分歧和区别，并各持已见，因而各教派(门宦)之间的排他性也日趋明显。特别是清末以来，新教(伊赫瓦尼)崛起之后，各教派之间，特别是新、老教派之间，界限分明，构成了各自迥然有别的明显特点。
各门宦都有自己的教主，又被称为“老人家”，教主的地位由创始人的嫡系世袭，有的门宦也有不世袭的，传给贤徒或者由教徒们举贤。
老教和新教各有自己的清真寺，教民只参加本教派清真寺的活动。新教(伊赫瓦尼)的教民一般都与本教派的教徒结婚；伊斯瓦尼的教民对五桩天命(念、礼、斋、课、朝)
每天的五次礼拜(晨礼、晌礼、晡礼、昏礼、宵礼)抓得很紧，不准怠迟，各教派举行宗教祭典活动时宰的牛羊，都由本教派自己的阿訇献祭。
老教有门宦，有拱北，有教主；新教没有门宦，没有拱北，也没有教主。
老教的主麻日(礼拜五聚礼日)在任何清真寺都可以做，新教则认为非在中心地区的大寺不可。
老教阿訇在教民中进行宗教活动时，先念《古兰经》尔后吃饭，也可以接受“哈吉牙”(教徒施舍的财钱)。新教阿訇念了经就不能吃饭，吃了饭就不能念经，并且不能接受哈吉牙。老教做了乃玛子(礼拜)以后要念“苏来”，(《古兰经》的章节)而新教仅作了“班达”(晨礼)和“火伏担”(宵礼)后才准念“苏来”。
新教对天课五拾勒、非堤勒、则卡提(宗教规定的税捐)看得很重；老教注重念经、“哈吉牙”。
新兴教(色勒夫，俗称三抬)礼拜时要抬手三次(新教，老教只抬一次)，教徒留长发，而老教和新教均不留长发。
解放以前，各教派之间因各持已见而引起严重的对立情绪，特别是新教(伊赫瓦尼)和老教(哲赫林也、虎菲也、库不林也、嘎地林也四大教派)之间纷争不断，甚至发展到大动干戈和互不通婚的地步。加上国民党反动派的蓄意挑拨离间，东乡族民族内部曾出现过互相械斗的不团结的悲惨局面。解放以后，在党的民族政策的光辉照耀和宗教信仰自由政策的感召下，东乡族各教派之间各行其事，互不干涉，互相尊重。