新课程改革给基础教育带来了生机和活力，同时也给农村学校带来了诸多挑战。
教学手段先进性的挑战
新课程要求教师的教学方式、学生的学习方式、管理者的管理方式发生转变。而这些转变顺利实现的一个前提就是需要有现代化教学硬件做支撑。但是，目前农村学校在新课程实施中普遍面临着教学硬件“跟不上”的现象，有许多学校甚至连一台微机也没有，更谈不上互联网的运用。教师的教学还停留在一块黑板、一本书、一支笔、一张嘴的传统教学上。教师无法通过网络获取知识和信息，影响了教师观念的更新和知识的更新；学校管理仍然是依靠“本本”管理，无法实现管理手段的现代化；学校缺少理化生实验室和必要的实验用品，教师无法进行演示实验教学，学生无法动手实验研究；教室缺少音像设备，有限的光盘、磁带等只能成为摆设，教师即使有好的教学思想、教学设计，也无法在课堂上有效地组织和落实。落后的教学手段给农村基础教育新课程的顺利实施带来了挑战。
教师素质全面性的挑战
基础教育课程改革对教师思想、知识、能力等多方面都提出了更高、更新的要求。目前，从农村学校教师队伍的构成上来看，呈现年龄偏高、学历偏低的特点。部分学校还存在代课教师、非师范类教师，教师整体素质不高，在以下几方面严重制约着农村新课程的实施：
一是思想观念落后。部分老教师受固有传统教学思想影响严重，习惯于运用传统教学模式，存在思想守旧、观念落后、改革创新意识不强、有畏难情绪的现象，缺乏实施新课程的主动性和积极性，认为实施新课程是年轻人的事，与己无关。教学中很自然地还走传统教学的老路，影响了新课程的实施。
二是教师培训落后。做好教师培训工作是顺利实施新课程的基础。教师观念的更新，教材和课程标准的把握，更多要依赖于教师培训工作。可是，目前农村学校普遍存在选送培训和校本培训不到位的现象。
选送培训不到位，主要原因首先在于学校领导认识不到位，选送意识不强。同时，很多学校的教师是包班教学，外出就会影响校内教学。其次在于学校办学经费紧张，缺少培训经费。教师不能外出培训，影响了教师教育观念的更新与专业理论知识的完善，影响了现代教育信息的了解和对新课程的把握，不能高标准、高起点地实施新课程的教学工作，学校不能形成实施新课程的骨干教师队伍。校本培训不到位，主要原因在于学校学科教师数量不足，缺少校本培训的师资和条件，开展专业培训和教学研究很难形成氛围并保证质量，校本培训停留在低水平的集中学习材料上，开展有效的研讨式、互动式、参与式、反思式等多种校本培训有很大难度。校本培训缺乏实用性、针对性，不能满足工作所需，不能解决教师教学中发生的问题。
三是教师自学自研落后。新课程强调学科教学内容要具有开放性、交叉性、整合性、综合性，教师传统的专业知识储备已经不能满足实施新课程教学的需要，教师必须加强自学自研，不断“充电”，不断丰富和完善自己的知识结构，把加强自学自研作为职业发展的需要来对待。可是，农村学校由于受地域、经济、硬件等条件限制，可供教师获取知识和信息的资源极为有限。许多学校没有网络，缺少图书。有限的图书得不到及时更新，多数已经过时，有的教学书刊掌握在领导手中，得不到有效利用。教师自学苦于没有资料可学，自研苦于没有资料可查，搜集资料，完善知识结构，改进教学策略受到影响，解决教学中遇到的新情况、新问题缺少辅助资料。另外，由于学校学习资源的限制，教师外出培训成果在校内得不到巩固练习和及时消化理解，不能内化和深化，久而久之，出现培训成果的流失。教师自学自研的落后严重影响了教师专业的发展和素质的提高。
四是新课程专业引领落后。农村教师由于习惯于运用传统教学模式，对新课程的组织实施感到困惑，有畏难情绪，所以，必须加强对教师的专业引领，充分发挥骨干教师的带动作用和辐射作用。农村学校普遍感到新课程实施的“明白人”太少，力量不足。虽然部分教师参加了一定级别的培训，但是由于受自身素质和群体环境的影响，新课程的转化率不高，不能较好地将培训所得转化为教学实践，很难成为学校实施新课程的骨干和带头人。另外，由于地域特点，学校课改工作缺乏上级业务部门经常、有效的指导。对课改实施引领的力度不大，制约了农村学校新课改工作的顺利进行。
领导者素质的挑战
校长是新课程实施的第一责任人，没有校长的组织参与和引领，新课程实施很难推进。
首先，部分农村学校校长对新课程的认识还存在误区，认为当前评价学校办学质量和教师教学质量还应该看学生的学习成绩，看试卷分数，看升学率，实施新课程是先进学校的事，是以后的事，有等待观望心理，实施新课改的积极性不高。还有部分校长认为实施新课程是教师的事，组织管理是主任的事，与自己关系不大，无需对新课程进行深入细致的全面了解。由于校长认识上的不到位，不能把新课程实施纳入校长行为，使新课程实施缺乏有效的领导和组织管理，致使农村学校新课程实施工作处于被动地位。其次，部分农村学校校长不是“业务型”校长，而是“事务型”校长，擅长和热衷于事务管理，不擅长抓业务管理，自身业务管理素质薄弱。面对新课程，缺乏系统的学习与研究，缺乏细致全面的了解和掌握。了解和掌握的也多是理论层次和观念层次的内容，而对新课程理念下的教学实践参与不够、研究不够，不能与教师一道研究和解决实践中遇到的新情况和新问题，不能发挥有效指导和引领作用。教师实施新课程多数属于“自由”状态。
课程资源多样性的挑战
课程资源是新一轮国家基础教育课程改革所提出的一个重要概念。没有课程资源的广泛支持，再美好的课程改革设想也很难变成实际的教育效果。课程资源可分为校内课程资源和校外课程资源两部分。就校外课程资源来讲，农村学校极为有限。没有学生获取知识和信息的重要社区资源——图书馆；没有拓宽学生视野、增强学生对学科教学形象直观理解的场所——科技馆；没有加强学生思想品德理想信念教育的历史文化宝库——博物馆；没有改变现代社会人们生活、工作和学习方式的优越条件——网络资源。校外课程资源的不足，给农村学校教师对课程资源的挖掘、开发带来了难度，限制了农村学校教师对教材的创造性使用，使他们为课程资源不足而发愁，教师只教教材、学生被动学习的状况一时难以改变。
应对现实挑战，促进农村学校新课程的顺利实施，是摆在各级地方政府、教育行政部门、农村学校及教师面前的一项十分紧迫的任务。只有继续加大教育投入，切实改善农村办学条件，加强农村学校校长队伍和教师队伍建设，提高他们实施新课程的能力和水平，为实施新课程创造良好的教育环境，才会使农村学校的新课程实施工作真正呈现出春光明媚、生机盎然的景象