杨厚是汉时新都（今四川成都一带）人，为西汉天文学家杨硕的后裔。其祖父杨春卿和父亲杨统皆继承先祖遗业，对天文、地理学说很有研究，史称"有先祖所传秘记为汉家用尔"。杨厚的父亲杨统在继承父业的基础上，还拜同郡郑伯山为师"受河洛书及天文推步之术"，使祖辈所传秘方更得以发展完善。
相传有一年，州郡大旱，杨统便运用阴阳之法来消除灾情，使郡界之内果然普降甘霖，而郡界之外地区则滴水未落。知道此郡之内有高人存在，其他州郡的长官都跑来请求帮助，也全都如愿以偿。从此之后，杨统声名大震，朝廷也通过他预测，避免了许多天灾人祸，封他为光禄大夫。杨统还把自己在实践中总结的经验与教训写成专著两卷，留传后世，而其子杨厚则成为这种专业继承中的佼佼者。
杨厚是杨统续弦妻子所生的儿子，幼时就聪明好学，重义厚道，他发现母亲与父前妻所生的儿子杨博关系不睦，就托病疾不语不食。母亲知道儿子心中所想，便主动亲近杨博，改善关系，恩养加笃，杨厚这才喜笑颜开，使家中生活充满了生气和情趣。杨博后来以德才兼备而成为朝廷命官。
杨厚自小时就子承父业，对天文地理知识兴趣浓厚，深钻细研，取得了很大成就。汉永初二年（公元l08）太白星位置发生变化，并入北斗星行列，洛阳发了大水，久久不退。此时，杨统在朝中任侍中官职，杨厚随父住在京师。朝廷针对这一奇异的天象和洛阳发大水事走访杨统，杨统说自己年纪大了，耳聋眼花，不好再预卜此事，就向朝廷推荐自己的儿子杨厚，说杨厚已初通河图书，如果让他来解释这个问题，也许能得到满意的答复。朝廷就派中常侍承制去问杨厚，杨厚回答说："这是因为诸王子都挤在京师，而京师官职的数量、品级又容纳困难，应发遣诸王各还本国，这种现象自然会消除。"朝廷听从了杨厚的建议，太白星很快归位，洛阳的大水也在杨厚预卜的时间内退去。为此，杨厚被任命为中郎官。
一次，邓太后特别召见杨厚，要他从河图书上查看邓骘是不是胜任自己的职务。杨厚的回答是否定的。因为邓骘乃是邓太后的弟弟，邓太后对杨厚的回答很不满意，于是就免去他的官职。杨厚回归故里，专心致志钻研学问，对州郡三公请他辅政的邀请一概不理，即便是公车特征，也拒不应诏。
汉永建二年（公元l26），顺帝刘保特别下诏书并通过郡县官员督促发遣，杨厚迫不得已来到京师，官拜仪郎，后又升迁为侍中。顺帝常召见他，谈论政事。永建四年（公元l28）杨厚上言说："今年气候反常，定有蝗灾发生，瘟疫流行。"不出杨厚所料，这一年夏季天气寒冷，六个州郡发生了蝗灾，而且有瘟疫流行。由于提前作了准备，这些灾害给州郡造成的损失都减少到最低程度。
此后，杨厚又连连上书，说西北方向有兵侵之气。顺帝这时正准备车驾出巡西北，听了杨厚的劝告，取消了这次行动，并做好加强边防、抵御侵略的准备。果然，阳嘉三年（134）西部羌族贼寇攻陇西、汉阳。接着，在内蒙西北居住的乌桓族也侵攻云中地区，围度辽将军耿晔。多亏朝廷做好了御边的准备，这些战乱很快得到平息。
汉永和元年（公元l37）杨厚再一次上书，说京师洛阳有水患征兆，又潜伏着火患的危机，朝廷三公中当有多人为此事遭免。而且此年还要和蛮夷发生战争。当年夏天，洛阳暴水。蛮夷造反，杀千余人。冬天，承福殿又遭了火灾，太尉庞参等数人被免去职务。
在朝廷任官数年，杨厚以未卜先知的特殊功能为朝廷出谋划策，提出许多消灾避祸的办法，但由于当时宦官专权，杨厚的提议多得不到采纳和重视。只有权倾朝野的大将军梁冀非常看重杨厚的才华，对他预测的事和补救办法深信不疑。他曾派遣手下人以车马珍玩相赠与杨厚谋面。杨厚托病请求退养故乡，皇帝答应了他的请求，赐以车马钱帛，让他归乡专心修黄老之术、教授门徒。当时到杨厚家求学的弟子多达三千余人。杨厚八十二岁卒于家中，乡人称他为文父，他的弟子为他立庙，后世文人学士常去祭祀。