自“九部之战”之后，随着九大部族的衰败和努尔哈赤势力的强盛，锡伯族逐渐归附于女真，并被陆续编入满洲八旗。锡伯族编入满洲八旗大致可分为以下三种情况：
一种是顺应形势，主动投奔的，如“锡伯部之巴达那，弃其祖先之地，率丁三十名来投有功，升为防御”。（《满文老档》）。这部分人不仅直接成为旗兵，且被授以官职。
另一种是被征服后收编为旗兵或家奴的。如：“天聪二年（1628年）八月丁丑黎明，驰击希尔哈、席伯图、英汤图诸处，俱克之。翌日，遣精骑追捕败军，至兴安岭，获人畜无算，抗拒者杀之，其降者编为户口。”（《清太宗实录》卷四，21页）。又如：“天聪八年（1634年）三月丙子巴思翰、康喀尔、松盖、得尔格往略蒙古希尔哈、席伯图地方，获马四十一匹，妇女幼丁二百一十七口以还……上令，即以所获，赏出征将士有差。”（《清太宗实录》卷十七，38页）。
综上所述，被征服者或被“编为户口”成为八旗的旗兵，或被“赏出征战士”沦为这些将士的家奴。
除在以上两种情况下，锡伯族被陆续编入满洲八旗之外，还有第三种即由蒙古八旗转入满洲八旗的。
这些锡伯族原本隶属于蒙古科尔沁，天命四年 （1619年）科尔沁蒙古陆续归附后金，自崇德元年 （1636年）至顺治五年（1648年）先后设立科尔沁十旗，于是这部分锡伯族被分编各旗，成为蒙古八旗的一部分。康熙三十一年（1692年），由于全国驻防兵源紧缺，加之东北防务的需要，清政府咨文科尔沁王公、台吉等，悬赏要求献出所属的锡伯、卦尔察披甲者。在此情况下，科尔沁王公，台吉们遂将其所属的锡伯、卦尔察、达虎儿丁一万四千四百五十八名全数进献。其中可披甲者一万一千八百一十二名，共编八十四牛录，其中锡伯七十四牛录，派驻齐齐哈尔、伯都讷和乌拉三城。至此，锡伯族就都直接录属于满洲八旗的统治之下了。